El origen del convento esta en la que fue residencia temporal de la infanta Juana de Portugal en Arévalo.

Vivía retirada en un pequeño palacio que mandó construir cerca del convento de San Francisco que había en el pueblo hasta que los conflictos que de la corte y del reino la obligaron a abandonar la casa y la villa.

Decidió entonces dejar la propiedad del palacio a algunas de sus damas con la condición de que vivieran en eterno retiro y vistieran el hábito de la orden de San Francisco. Además estableció como obligación la de antender y acoger a mujeres enfermas o necesitadas de la villa.

El convento llegó a albergar una comunidad de treinta y tres monjas ademas de la abadesa y cuantro criadas que vivían también en clausura.

La casa desapareció tras la aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizabal, en 1835. Sus religiosas fueron trasladadas, junto con otra comunidad del Convento de San Bernardo, al Convento de Santa Isabel en la misma villa, donde llegaron a trabajar como paneras de la propia comisión de amortización.