Los agustinos poseían una ermita en Málaga desde 1521, aunque no obtuvieron licencia del obispo de Málaga, Francisco Pacheco de Córdoba, para erigir un convento hasta 1575. El 24 de abril de ese año el convento fue fundado en las casas de los herederos de Alonso Hernández por el padre Gabriel Pinelo, predicador en la corte de Felipe II. El primer prior fue el padre Andrés de Torrecilla.

El 14 de enero de 1576 los frailes compraron a Cristóbal de Córdoba unas casas más adecuadas dentro de los términos de la parroquia por 3.200 ducados y edificaron allí el convento definitivo. A partir de 1582, el convento pasó a depender de la provincia agustiniana de Andalucía. Tenía estudios de matemáticas, filosofía y teología. Las clases las impartían un maestro, dos lectores de teología y uno de filosofía. Los frailes también atendían a los fieles en la penitencia y la predicación.

El convento fue cerrado después de la supresión de todos los conventos y monasterios en 1835. El edificio fue ocupado por diversas instituciones hasta que fue cedido al Obispado para convertirse en Seminario Diocesano. La iglesia siguió abierta al culto durante varias décadas más. Posteriormente, el templo fue adquirido por los jesuitas.