A mediados del siglo XVI, cuando los Reyes Católicos habían tomado Granada, en Alhama de Granada se inicia la fundación de dieferentes conventos, entre ellos uno de monjes franciscanos bajo la advocación de San Francisco.

En torno a 1560 los franciscanos habían abandonado la obra, probablemente por la cantidad de órdenes que ya se habían instalado en el mismo pueblo, y deciden dejar el proyecto y ceder el edificio a los carmelitas.

En 1612 y por petición de los vecinos y de diferentes autoridades eclesiásticas, se inician los trámites para fundar de nuevo a las afueras del pueblo otra casa para franciscanos conocida como San Diego.

Fue habitada por estos monjes hasta el año 1848 en que tuvieron que marcharse debido a la anterior aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizabal de 1835.

En cualquier caso, sólo un año después y por Real Orden se entrega la casa a una pequeña comunidad de mujeres que habían formado en beaterio en la misma población y que pasan a convertirse en religiosas clarisas.

Desde entonces han habitado el convento aunque durante la Guerra Civil tuvieron que marcharse. Se reubicaron en conventos de Granada aunque un pequeño grupo de monjas, naturales del propio pueblo, permancería en sus casas familiares tratando de encontrar fondos y apoyos para reconstruir el edificio.

En 1950 las obras acaban y una comunidad de religiosas vuelve a instalarse en el convento. Desde entonces lo han ocupado de forma ininterrumpida logrando mantener una pequeña pero activa comunidad.

En la actualidad se dedican a la elaboración y venta de dulces y repostería.