El convento de dominicos de Carboneras de Guadazaón fue fundado por los marqueses de Moya. La primera piedra fue colocada el 16 de julio de 1500 por el obispo de Cuenca, Rafael Galeote Riario, sobrino del papa Sixto V. El padre general de orden, José Vicente Vandelo de Castro Nuevo, recibió los títulos y escrituras de cesión del convento y la iglesia el 15 de mayo de 1504 en el capítulo general. En el siglo XVIII el convento esta constituido como Estudio General y se impartían clases Teología y Filosofía tomista.

El fin del convento llegó en el siglo XIX, siendo el primer acontecimiento que marca el camino a su desaparición la Guerra de la Independencia, periodo durante el cual el convento fue saqueado, sufriendo graves daños el edifico. Tras el fin de la contienda los frailes regresaron al convento, llegando a habitar 50 religiosos en 1822. En 1835, el convento es suprimido definitivamente tras la aplicación de los decretos de exclaustración del ministro Mendizábal.