En enero de 1651, un vecino de Alfaro, Martín de Avedaño, dedice donar todas sus posesiones para la fundación de un convento a favor de la orden de los trinitarios.

Tras su muerte se nombra como administrador a Lucas Sainz Ortíz quien toma posesión de los bienes del difunto y obtiene las licencias para la construcción del convento y la iglesia. Entre 1656 y 1662 las cortes del reino, el obispo de Tarazona y el propio rey envían los permisos necesarios. Comenzaron las obras de demolición de las antiguas casas del donante y se comienza a construir el convento.

El último día de 1662 se abre al culto el convento.

Aún así las obras para completar las instalaciones, incluido el propio convento, se irán realizando durante los veinte años siguientes.

En 1667 se hace la huerta; en 1672 se completa el edificio del convento y diez años después, en 1682, se comienza a construir una nueva iglesia.

En el año 1794 el convento se habilita como sede del Hospital Militar. Los monjes tuvieron que abandonar su residencia instalándose en la casa del Planillo de la misma ciudad de Alfaro hasta octubre del mismo año.

Ya en 1808, en el mes abril, por causa de la invasión de las tropas francesas durante la Guerra de Independencia, los monjes se vieron obligados a abandonar de nuevo el convento. Ocuparon una casa del pueblo hasta el año 1811 cuando pudieron regresar.

En 1834 la orden abandona definitivamente el convento. Se realiza la venta del edificio a favor de un vecino de Alfaro, Andrés Martínez Yaguas, que construiría en el mismo solar una casa particular.