Aunque hay información prevía al año de fundación del convento, esta se hizo oficialmente el 21 de diciembre de 1274 durante el reinado de Alfonso X. Con anterioridad debieron residir en casas de la ciudad de Badajoz hasta que obtuvieron las licencias para instalarse definitivamente.

El fundador fue fray Domingo Pedro y la protectora y patrocinadora fue Mayor Gutiérrez. Esta mujer era la madre de un ministro del rey Sancho IV y poseía un importante patrimonio. Donó a los trinitarios varias dehesas que les permitieran vivir comodamente para dedicarse sin problemas a mantener el hospicio.

Los monjes se ocupaban de atender a enfermos de la ciudad de Badajoz y de alojar a cautivos resacatados por la orden.

El convento estaba situado intramuros, junto a la desparecida Puerta de la Trinidad, así llamado por ellos, junto a la muralla de Badajoz.

Así se mantuvo hasta el año 1770 cuando se cerró el convento. Sus rentas habían descendido notablemente y ademá se vieron afectados por la Real Cédula sobre los Padres Trinitarios de Carlos III en las que se suprimía sus conventos, entre ellos el de Badajoz.

Los vecinos de Badajoz pidieron su restitución durante años hasta conseguir, en 1795, que Manuel Godoy, favorito y ministro de Carlos IV, nacido en Badajoz, autorizara el regreso de la orden al convento.

Esta nueva etapa duraría hasta 1811 cuando fueron ocupados por las tropas francesas.

Después de esto, el convento sería totalmente destruido durante la Batalla de Badajoz en la que el ejército anglo- portugués, aliado de España, ganó la ciudad frente a los franceses en el año 1812.