El convento de mercedarios descalzos de la Vera Cruz de Rota cuenta con apenas dos siglos de historia. Fundado el 2 de noviembre de 1604, del edificio no se ha conservado nada. Clausurado en 1836 debido a la exclaustración decretada por el Gobierno, los monjes se vieron obligados a abandonar las instalaciones y posteriormente la villa de Rota.

De su historia cabe destacar la llegada al convento de la hermandad de la Vera Cruz, en 1620, tras abandonar la iglesia en la que se encontraba para dejarla en manos de la Compañía de Jesús. Esta actuación se debió a la solicitud de Don Manuel Alonso Pérez de Guzmán, duque de Medina Sidonia, y a cambio la Hermandad recibió una imagen que estaba destinada a la orden mercedaria. La hermandad se comprometía, en caso de no poder hacer frente a los 1000 ducados de tributos sobre sus bienes que debían pagar anualmente al convento mercedario, a ceder al duque algunos de sus bienes como el Corral de comedias y otras rentas.

En el siglo XVIII se acometieron varias reformas en el edificio, las de la capilla del Santo Cristo de la Veracruz se llevaron a cabo en 1789 y costaron 824 reales de vellón, según el recibo presentado por el maestro de albañil Sebastián Delgado. Después del abandono de la comunidad religiosa fue declarado en ruinas y demolido en el siglo XX. Actualmente el espacio acoge el mercado central de Rota.