Está situado en la zona oeste del casco antiguo de Logroño, entre las calles de la Rúa Mayor y Portales, muy cerca de la puerta del Revellín. Su forma se adapta a la estructura urbana de Logroño como ciudad-camino, caracterizada por calles longitudinales en sentido este-oeste que dan lugar a manzanas alargadas, una de las cuales es ocupada por el primer conjunto conventual. La Orden mercedaria acomete la construcción de un convento de nueva planta, probablemente en los mismos terrenos de la originaria sede conventual del siglo XIII.

Construido en su mayoría en el Siglo XVI, entonces el edificio quedaba fuera de las murallas de la ciudad. Se realiza en un período de bonanza económica de Logroño, en el que se ocupan solares vacíos del interior de la ciudad y extramuros. Algunas fuentes consultadas apuntan al período de 1523-1541 el momento en el que el convento amplía su Capilla Mayor.

El acceso que se observa actualmente, al exterior, fue reformado en el S.XVII. El Convento formaba junto a la muralla una de las entradas a la ciudad. En 1686 se autorizó la construcción de la portada de la fachada norte del edificio conventual. La portada barroca quedó concluida en 1687 y probablemente sustituyó a otra anterior que culminaba en un escudo de la orden mercedaria. A lo largo de los siglos XVII y XVIII, se abrieron otras puertas en el claustro y la iglesia, para comunicarlo con el resto de las dependencias monásticas.

En 1808 los franceses ocuparon el Convento de la Merced y los religiosos tienen que huir.

En 1813 sirvió de hospital militar y de alojamiento de tropas y dos años más tarde, los padres mercedarios regresan de nuevo al convento y lo hayan desprovisto de todo ornamento como producto de la guerra y la rapiña.

El Gobierno Constitucional de 1820 dictó Real Orden para acuartelar en Logroño al primer batallón del regimiento de Jaén. Concluido el Trienio Liberal, en 1823, los mercedarios vuelven a ocupar el convento. En 1834, en plena Guerra Carlista, el edificio fue destinado de nuevo a funciones de hospital militar y se rompe definitivamente su vinculación eclesiástica en 1836 como consecuencia de las medidas desamortizadoras.

El Convento de La Merced está desocupado de 1847 a 1869 y posteriormente vuelve a ser ocupado por personal religiosos, esta vez por carmelitas descalzas.

De 1872 a 1876 el ejército vuelve a ocupar la primitiva sede conventual como consecuencia de la última Guerra Carlista y a finales del S.XIX se transforma en fábrica tabaquera hasta 1978. Actualmente es la sede del Parlamento de La Rioja.

En 1984 comienza la restauración del edificio que convertirá el antiguo convento formado por la iglesia, el claustro y las dependencias que se encuentran al oeste del mismo, en la sede del Parlamento de La Rioja. Mientras que el volumen de edificios levantados hacia el este de la iglesia y el claustro es, en la actualidad, la zona ocupada por la Biblioteca de La Rioja.