Tras el "milagroso aparecimiento de Jesucristo" al pastor Rui Sánchez en el monte Benamor (19 de abril de 1493), cercano a Moratalla , se edificó en el sitio indicado, la ermita popularmente conocida como Casa de Cristo, donde no cesaron de acudir al lugar vecinos de toda la comarca y fuera de ella, convirtiéndose el santuario en centro de peregrinación constante donde llegaban enfermos y tullidos de todos sitios, para curarse espiritual y físicamente. El Ayuntamiento nombró a Jesucristo Aparecido Patrón de la Villa.

Transcurriendo el tiempo, diversas órdenes religiosas intentaron instalarse en la Casa de Cristo, pero fue la Orden de la Merced la que más fortuna tuvo; el consistorio de Moratalla, en sesión del 25 de junio de 1589, autoriza su establecimiento.

En 1726, el Convento se transforma en Colegio Seminario de Misioneros Apostólicos del Real y Militar Orden de Nuestra Señora de la Merced, siendo entonces Comendador Fray Alonso Pulgarín. El primer presidente del Seminario Apostólico fue su fundador: Fray Francisco Miguel Echeverz, quien en su obra "Pláticas Doctrinales" hace una descripción del templo del Santo Aparecimiento de Jesucristo.

En diciembre de 1811, tropas francesas procedentes de La Mancha, atraviesan el término municipal de Moratalla con dirección a Andalucía, destruyendo los cortijos que encuentran a su paso y saqueando la propia población, llegados al santuario, incendian el convento; era comendador en esta época Fr. Ginés Hernández. Hacia 1818-20, restaurados los desperfectos, los frailes regresan a su recinto.

Tras el pronunciamiento de Riego y la disolución de las comunidades religiosas, entre ellas la de La Merced, los frailes que eran sacerdotes ejercieron como capellanes secularizados en algunas ermitas rurales. No obstante, poco después, la vuelta al absolutismo supuso la reposición de las órdenes y la devolución de sus posesiones. Los mercedarios del Aparecimiento regresaron, pero diezmados. El 1 de octubre de 1829, restaurado el convento, los frailes se instalan nuevamente en él. Pero más tarde, con la desamortización de Mendizábal, el 29 de febrero de 1836, los frailes de La Merced abandonan el convento de la Casa de Cristo y poco después las propiedades son vendidas. La edificación del santuario queda en manos y propiedad del Ayuntamiento, como patrono que era.

En la actualidad, no queda nada del recinto conventual, salvo el claustro.

El Ayuntamiento ha construido en el espacio del claustro conservado un albergue y dependencias donde se ubica el Centro de Interpretación del Arte Rupestre.