El primer contacto de la Orden con el Concejo de la ciudad para su asentamiento e intención de hacerse cargo del cuidado de enfermos, se establece en el año de 1671. A pesar de que los contactos iniciales, no fructifican en la formación de la nueva institución, la creación de este nuevo centro contará desde el inicio con el beneplácito del Concejo, que ve en ello una oportunidad para la reunificación de los centros existentes en la localidad (el Hospital de Juan Domingo de Castro o del Dulce Nombre de Jesús, el del Espíritu Santo y el de la Cruz también llamado de Santa Catalina).

De esta manera en febrero de 1672, son enviados a la ciudad los Hermanos fray Juan Urbano y fray Francisco León de Guevara, para tratar de manera definitiva la apertura del hospital, tras aprobación específica por parte del Definitorio General. Con fecha 2 de junio se extiende la cédula real que aprueba la fundación del nuevo centro, lo que conlleva la supresión de los tres hospitales restantes, quedando establecido el nuevo hospital en el inmueble del que había sido del Dulce Nombre de Jesús; y administrando la Orden los bienes y rentas de éstos (aproximadamente 500 ducados), bajo la obligación de mantener abiertas nueve camas. Para cumplir con dicha tarea se exigirá a la Orden la presencia de dos religiosos, uno de ellos además cirujano y otro encargado de administrar los Sacramentos.

El posterior funcionamiento del hospital se granjeó la ayuda de muchos benefactores, convirtiéndose el Hospital de San Juan de Dios de Llerena en el centro asistencial más importante de la ciudad, quedando recogido en el testimonio que realiza a mediados del siglo XVIII el cronista de la Orden fray Juan Santos. Sin embargo, la situación económica del centro durante el siglo XVIII perdió el empuje inicial, de tal manera que a finales de este, la

comunidad de Hermanos adscritos al centro fue decreciendo a lo largo de estos años siendo de siete en 1753 y reduciéndose a cuatro a finales de siglo.

Con el advenimiento de los cambios políticos y administrativos acaecidos en el primer tercio del siglo XIX, la comunidad fue suprimida en 1820 durante el Trienio Liberal, desamortizándose sus propiedades y pasando las labores asistenciales a depender de las autoridades civiles. Actualmente el Hospital San Juan de Dios, de Llerena, se ha convertido en Hogar del Pensionista, al tiempo que residencia asistida para ancianos con capacidad para 40 personas.