Historia Institucional / Reseña Biográfica:
Se designaron como menores los colegios creados en las universidades diferentes a los seis más importantes o mayores que eran los cuatro de Salamanca (San Bartolomé, el de Cuenca, el de San Salvador de Oviedo y el de Fonseca o del arzobispo), el de Valladolid (Santa Cruz) y el de Alcalá de Henares (San Ildefonso). Sin embargo los restantes colegios no admitieron sin discusión este apelativo, de ahí que existiera una pugna por se reconocida su importancia adoptando una terminología que los equiparara en su consideración con los mayores (Colegio grande, Colegio máximo...). Por lo que respecta a Alcalá de Henares los colegios menores por antonomasia son los que fundó el cardenal Cisneros para estudiantes pobres financiados con recursos del Colegio Mayor.
El cardenal Cisneros instituyó ya en 1510 varios colegios para estudiantes pobres con la intención de que no tuvieran que abandonar sus estudios por falta de recursos. En 23 de marzo de 1513 redactó unas Constituciones para estos colegios: Colegio de la Madre de Dios o de los Teólogos, de San Pedro y San Pablo para religiosos franciscanos, de Santa Catalina, Santa Balbina, San Dionisio y San Ambrosio o de Artistas, para Lógicos y Sumulistas, Físicos y Metafísicos, de San Eugenio y San Isidoro, para Gramáticos y Griegos, y de San Lucas, luego San Lucas y San Nicolás, para estudiantes enfermos. Preveían las Constituciones que se creasen nuevos colegios a medida que las rentas lo fueran permitiendo. Así fueron fundados por rectores del Colegio de San Ildefonso el Colegio de San Jerónimo o Trilingüe (c.1525) y el de San Leandro, de Gramáticos (c.1538).
Algunas ordenes religiosas mantenían colegiales en sus conventos o en colegios por ellas creados, pero apenas han quedado vestigios documentales. Del Colegio de la Compañía de Jesús es del que se tienen más noticias por haber sido durante veinte años sede de la Universidad, que tuvo en este tiempo la administración de todos sus bienes.
Además de los colegios de regulares, surgieron en Alcalá otros colegios, fundados por algunos obispos, para proporcionar a sus diocesanos una buena formación teológica en cumplimiento de las resoluciones del Concilio de Trento, o por personas que a título particular erigen y dotan colegios para sus familiares o estudiantes de su mismo lugar de origen, de ahí que se les haya designado también como colegios de las naciones. De estos colegios seculares se conserva documentación de los de San Jerónimo o de Lugo, Santa María de Regla y de los Santos Justo y Pastor o de León, San Martín y Santa Emerenciana o de Aragón, , de San Lucas o de Magnes, San Ciriaco y Santa Paula o de Málaga, San Cosme y San Damián o de Mena, de los Santos Justo y Pastor o de Tuy, de Santa Justa y Rufina o de estudiantes andaluces, de San Clemente mártir o de los Manchegos, de San Juan Bautista o de Vizcaínos.
Ante las persecuciones a que estaban sometidos los católicos en Inglaterra e Irlanda se crearon en Europa colegios para el estudio de la teología con la ortodoxia de la fe católica. Con este motivo se funda en Alcalá el colegio de los irlandeses bajo la advocación de San Jorge.
De patronato nobiliario son dos colegios, el de Santiago o de los caballeros Manrique, fundado por Don García Manrique, cuyos patronos serían los duques de Nájera y el de Santa Catalina o de los Verdes, fundado por Dña. Catalina de Mendoza, hija de los condes de Coruña, que serían los patronos de este colegio. El Colegio de San Felipe y Santiago o del Rey, era de patronato real, fue fundado por Felipe II para los hijos de los servidores de la Casa real.
Ante la situación precaria de los colegios, agotadas sus rentas, hubo que refundirlos para reducir su número. La reforma de García de Medrano incorpora al de los Verdes, los colegios de San Cosme y San Damián, San Clemente Mártir con sus agregados, y de los Santos Justo y Pastor en 1666; la de Díaz de Rojas agrega al de San Ciriaco y Santa Paula o de Málaga, los de Aragón, León y Lugo, en 1779. Un último colegio se iba a erigir en Alcalá, en fecha tan tardía con respecto a los demás como es 1777. La fundación de este nuevo colegio, bajo la advocación de la Inmaculada Concepción, expresión de las devociones de su fundador, Carlos III, está motivada por la necesidad de llevar a la práctica los planes de agrupación de colegios preconizados por la citada Reforma de Díaz de Rojas. En él se reunieron todos los colegios cisnerianos excepto el de San Pedro y San Pablo
