Convento fundado por franciscanos conventuales entre los años veinte y treinta del s. XIII, tras la formación de los cenobios de Tarazona y Zaragoza. Destruido durante la Guerra de los Dos Pedros, en 1376 fue mandado reconstruir por Gonzalo de Liñán en el mismo emplazamiento (concretamente en el ángulo que forman los actuales paseos de San Nicolás de Francia y Cortes de Aragón, extendiéndose hasta la Plaza de San Francisco), donde impartieron instrucción primaria.

Entre finales del s. XV y principios del s. XVI, la comunidad de religiosos sufrió los efectos de la reforma cisneriana de la orden. Y es que, como consecuencia de las epidemias de peste sufridas a mediados del s. XIV, los conventos habían sido diezmados, por lo que fueron repoblados por individuos de vocación cuestionable que relajaron la regla de austeridad y potenciaron la acumulación de riquezas. Ante esta desviación, el arzobispo de Toledo decidió actuar, sustituyendo a aquellos que se negaban a respetar los votos (generalmente franciscanos conventuales) por franciscanos menores observantes.

No es hasta 1846 que se tiene noticia del convento, cuando Madoz lo cita en su Diccionario geográfico-estadístico-historico de España indicando que estaba ocupado por las religiosas del convento de Santa Clara tras "la estincion de los frailes". Se desconoce si este hecho fue fruto de la escasez de vocaciones o de la leyes desmortizadoras de 1836-1837, pero claro está que, en aquellos años, lo único que se conservaba de la comunidad de franciscanos era el conjunto constituido por la iglesia y el monasterio.

Finalmente, entre 1934 y 1936, ante la amenaza constante de incendio por parte de exaltados, las religiosas de Santa Clara que habitaban el edificio optaron por desalojarlo, siendo entonces vendido a particulares que lo abandonaron hasta su completo derribo a mediados del s. XX.

Según refiere Madoz, podía apreciarse el escudo de Gonzalo de Liñán en el altar mayor y en la puerta principal de la iglesia. Así mismo, indica que en esta última se encontraba el panteón de los condes de Contamina, el cual formaba una capilla detrás del altar mayor pero que, por aquel entonces, se hallaba en muy mal estado (aunque conservaba inscripciones que demostraban la anterior existencia de sepulcros pertenecientes a diversas familias ilustres).