Maestro de cantería. Natural de Omoño, en la junta de Ribamontán del valle de Trasmiera (Cantabria). Nació en la segunda mitad del siglo XVI, estuvo activo sobre todo en la primera mitad del siglo XVII. Entre 1623 y 1626 vivía en Valladolid, donde tuvo dos hijos con Juana de Villegas.

Sigue la tradición de otros muchos maestros trasmeranos con actuaciones bien documentadas en Castilla. Se formó en el taller de Pedro Díez de Palacios, a quien se considera el introductor del clasicismo en los obispados de Burgos y Osma, taller donde acudieron otros maestros como Pedro de Naveda o Rodrigo de Pontones. A su vez, se hizo cargo de la formación de su sobrino, el también maestro cantero Pedro de Aguilera (fl.1592-1645) con abundante producción en Cantabria y La Rioja. En todo caso, forma parte del llamado "foco clasicista vallisoletano", liderado por los Praves, quienes tuvieron un vínculo especial de colaboración y amistad con Bartolomé de la Cantera, también maestro cantero de origen trasmerano y alarife de la ciudad de Valladolid, con quien Rodrigo pudiera tener algún tipo de relación.

Hacia 1601 construye en Lerma (Burgos) el palacio del Duque, siguiendo trazas del arquitecto Francisco de Mora. En 1609 termina el puente de Frías (Burgos). En 1610, junto a Juan Aguirre, remata la obra del puente de Miranda de Ebro (Burgos). Ese mismo año, junto a Pedro Vélez de la Huerta, Juan de Solano Palacio y otros maestros, intenta la baja de la obra del puente de Tordesillas (Valladolid) adjudicada a Juan de Nantes. En 1613, junto a Domingo de Argos y Juan González de Sisniega, se le adjudica la construcción de la Iglesia colegial de San Pedro en Lerma, a partir de trazas del arquitecto fray Alberto de la Madre de Dios, obra que concluirá en 1627. En 1619 contrata, con Hernando del Hoyo, la obra del Convento de San Agustín en Valladolid, sobre trazas de Diego de Praves. En 1623 presenta trazas, también junto a Hernando del Hoyo, para el claustro principal del Monasterio de las Huelgas Reales de Valladolid, aunque fueron aceptadas las de Francisco de Praves.

En 1629 ejecuta el claustro principal del desaparecido Convento de Nuestra Señora de la Merced Calzada de Valladolid, junto a Hernando del Hoyo. Ese mismo año, labraron la fachada del convento los arquitectos Pedro de la Vega y Felipe de Ribera sobre condiciones redactadas en 1606 por Pedro Mazuecos el Mozo. Según Llaguno, el claustro de estilo herreriano era magnífico. El convento fue derribado a principios del siglo XIX, pero era uno de los más monumentales de Valladolid, y se conserva un dibujo en la Historia de Antolínez de Burgos de la Biblioteca Nacional (Lam. XIII, b).

En 1630 trazó el claustro para el Convento de San Francisco en Nájera (La Rioja) cuyos planos se encuentran en el Archivo de la Diputación Provincial de la Rioja, y diseñó allí otras obras de reforma que ejecutó, entre otros, su sobrino Pedro de Aguilera. En ese mismo año, se compromete a ejecutar el puente de Nájera, obra que no concluyó.

En 1626 pleitea en la Real Chancillería de Valladolid con la Cofradía de San Juan de la villa de Benavente sobre alcances en la tasación de la obra de edificación del hospital del mismo nombre, cuya construcción se desiste, sin concluir enteramente, hacia 1625. En estos documentos aparece citado alternativamente como maestro arquitecto, maestro de cantería y maestro de obras, aunque él se aplicaba a sí mismo la primera denominación.

María del Carmen González Echegaray recoge la existencia de Rodrigo de la Cantera, natural de Las Pilas (Cantabria) activo entre 1570 y 1611, que trabaja con Pedro Vélez de la Huerta en la ciudad de Vitoria y concluye junto a Francisco del Pontón la capilla de Mendiola en la Iglesia de San Miguel de Vitoria.

El Archivo de la Diputación Provincial de La Rioja conserva obras de este autor.