Las Delegaciones tienen sus precedentes en las Superintendencias provinciales creadas por el rey Carlos II. Las primeras Intendencias nacen en 1711, pero no se consolidan hasta 1749. Aunque las necesidades de reforma se van viendo en los sucesivos proyectos reformadores de Martín de Garay (1816) y López Ballesteros (1824), la gran reforma tributaria fue la realizada por Mon y Santillán en 1845. Como consecuencia de ésta, se reorganiza la administración provincial de Hacienda, quedando constituida la administración y recaudación en las capitales por intendentes, administradores, tesoreros, contadores, oficiales inspectores y recaudadores y en los partidos por subdelegados, administradores, depositarios, administradores subalternos, verederos y estanqueros.

En la línea de los profundos cambios que se operan a partir de ese año, se inscribe la desaparición de las intendencias (1849), pasando a los gobernadores civiles las facultades desempeñadas hasta ese momento por los intendentes, y la progresiva creación de una estructura recaudatoria sólida que irá agrupando distintas administraciones, contadurías y tesorerías en las Administraciones Económicas (1869) y en las Delegaciones Provinciales de Hacienda (1881). Es en este momento, con la Ley de 9 de diciembre de 1881 cuando se organizan los servicios económicos provinciales creándose la figura de los Delegados de Hacienda. Dependiendo de este organismo se crearon cuatro dependencias que controlaban la actividad económica y fiscal a nivel provincial: Administración de Contribuciones y Rentas, Administración de Propiedades e Impuestos, Tesorería e Intervención. El 31 de diciembre de este mismo año 1881, se aprobó el Reglamento orgánico de la Administración económica provincial que rigió hasta el 1 de julio de 1885, en que como consecuencia de la reforma hacendística de Cos-Gayón se suprimieron los Delegados, los cuales reaparecerán tal como fueron creados por un Real Decreto de 14 de enero de 1886, en el que se incluye un Reglamento Orgánico, que será sustituido por otro aprobado el 11 de mayo de 1888.

Las funciones de las delegaciones en sus orígenes se estructuraron en cuatro grupos: Administración de Contribuciones y Rentas, Administración de Propiedades e Impuestos, Tesorería, Intervención. Por Real Decreto de 31 de julio de 1888 se confió al Cuerpo de Archiveros, Bibliotecarios y Anticuarios la reorganización y servicio de los Archivos de las Delegaciones de Hacienda y este mismo año se procedió a una nueva reorganización de las dependencias de Hacienda en las provincias y junto a las 4 dependencias anteriores surgieron: Administración de Aduanas, Administraciones Subalternas de Hacienda, Administraciones de Lotería, Fábricas de sales y Oficinas de explotación de minas. A ellos se unirían, entre otros, la Abogacía del Estado (desde 1892), la Inspección de Hacienda (desde 1903) y el Tribunal Económico-Administrativo Provincial (desde 1924).

En 1933 un Decreto de 21 de marzo hace reaparecer la Administración de Propiedades y Contribución Territorial, desgajándola de la de Rentas Públicas. En 1941 se inicia un proceso nuevo, la de crear un órgano para cada impuesto, con la Orden de 25 de noviembre, que crea la sección de Contribución sobre la Renta. En 1943 la orden de 18 de febrero crea dentro de la Administración de Rentas públicas la Sección de la Contribución de Usos y Consumos, llamada a partir de 1957 Impuesto sobre el Gasto. La Ley de 11 de septiembre de 1953 establece el Tribunal Provincial de Contrabando y Defraudación. En 1963 el Decreto de 14 de febrero crea la sección del Patrimonio y la Orden de 26 de noviembre de 1964 la sección del impuesto sobre el Tráfico de Empresas.

La Ley de 11 de junio de 1964, sobre la Reforma del Sistema Tributario supone una importante reestructuración de la administración periférica de Hacienda, que se plasmará en el Decreto 1178 de 3 de julio de 1965 y la Orden de 31 de enero de 1966. Aparece la Administración de Tributos Directos y la de Tributos Indirectos, la Administración de Servicios, el Servicio de Asistencia Técnica Tributaria y las secciones de haciendas Locales y Mecanización. El Decreto 407 /1971, de 11 de marzo, crea la Administración de Impuestos Inmobiliarios, con dos secciones Rústica y urbana, incluyendo catastros y censos. La reforma tributaria de 1978 supuso que el peso fundamental del sistema recayese en los impuestos directos y progresivos. Su reflejo en la organización administrativa se centra en el Real Decreto 489 de 20 de febrero de 1979, la Orden de 23 de mayo de 1980, en la cual se regula el organigrama completo de las Delegaciones, y el Real Decreto de 13 de junio de 1980.

A partir de 1991 al crearse la Agencia Estatal de Administración Tributaria (Le y 31/1990 de Presupuestos para 1991), las Delegaciones de Hacienda mantienen sus competencias en materia de intervención, tesorería y patrimonio y pierde en favor de la Agencia las de materia tributaria y aduanera. Prácticamente al mismo tiempo (Real Decreto de 30 de diciembre de 1990) cambia su denominación y pasa a llamarse Delegación Provincial de Economía y Hacienda, nombre que mantiene hasta la actualidad. La Orden de 2 de junio de 1994 desarrolla la estructura de la Agencia Estatal de Administración Tributaria