El 24 de julio de 1936, a los pocos días de iniciarse la guerra civil española, los principales generales del bando sublevado constituyeron un gobierno provisional que recibió el nombre de Junta de Defensa Nacional. Cuando a finales del mes de septiembre Francisco Franco fue nombrado Jefe del Gobierno y Jefe del Estado, éste promulgó una ley estableciendo una nueva estructura de la Administración Central en el territorio controlado por el ejército rebelde. Por esa ley de 1 de octubre de 1936 se crearon la Junta Técnica del Estado, la Secretaría de Relaciones Exteriores, la Secretaría General del Jefe del Estado y el cargo de Gobernador General, a los que se unió posteriormente la Secretaría de Guerra.

Esta organización permaneció vigente hasta la aprobación de la ley de 30 de enero de 1938 por la que se reorganizó la Administración Central del Estado. Todas las instituciones mencionadas fueron suprimidas y sustituidas por un Gobierno de la Nación compuesto por una Presidencia, una Vicepresidencia, un Secretaría y once Ministerios.

La Presidencia del Gobierno quedaba vinculada al Jefe del Estado, es decir, a la persona de Francisco Franco. Los ministros, reunidos con él, constituían el Gobierno de la Nación. El Vicepresidente y el Secretario del Gobierno serían elegidos entre sus miembros por el Jefe del Estado.

Por otra ley de 8 de agosto de 1939 se modificó la Administración Central del Estado. Se estableció una nueva estructura ministerial y se suprimió la Vicepresidencia del Gobierno, cuyos organismos y funciones pasaron a depender de la Presidencia del Gobierno, exceptuando la Dirección General de Marruecos y Colonias, que pasó a formar parte del Ministerio de Asuntos Exteriores. Asimismo, se creó la Subsecretaría de la Presidencia, que asumió las funciones que hasta ese momento había desempeñado la Vicepresidencia del Gobierno, entre otras.

Entre 1939 y 1962 el Gobierno estuvo compuesto por el presidente y los ministros, no existiendo la figura del vicepresidente.

De 1938 a 1973 la Presidencia del Gobierno estuvo vinculada a la Jefatura del Estado, siendo ostentados ambos cargos por Francisco Franco. Por una ley de 8 de junio de 1973 se desvinculó la Presidencia del Gobierno de la Jefatura del Estado, y por un Decreto del mismo día Luis Carrero Blanco fue nombrado Presidente del Gobierno.

Tras el asesinato de Carrero Blanco el 20 de diciembre de 1973 el cargo de Presidente del Gobierno fue ocupado de forma interina por el Vicepresidente del Gobierno, Torcuato Fernández-Miranda Hevia, quien desempeñó el cargo durante solo unos días.

Por un Decreto de 29 de diciembre de 1973 fue nombrado Presidente del Gobierno Carlos Arias Navarro, quien desempeñó el cargo hasta su dimisión el día 1 de julio de 1976, ya iniciada la Transición a la Democracia.

El 3 de julio de 1976 el Rey Juan Carlos I, el Jefe del Estado que había sucedido a Francisco Franco tras su fallecimiento el día 20 de noviembre de 1975, con la potestad que le otorgaba la Ley Orgánica del Estado de 1967, designó Presidente del Gobierno a Adolfo Suárez González, a la sazón Ministro-Secretario General del Movimiento.

Tras la aprobación de la Ley para Reforma Política en enero de 1977, el día 15 de junio de ese mismo año se celebraron las primeras elecciones generales de la Democracia, de las que saldrían unas Cortes Constituyentes que elaborarían una nueva Constitución. Tras el triunfo de su partido, Unión de Centro Democrático, Adolfo Suárez fue elegido Presidente del Gobierno.

El Gobierno de España adoptó su forma jurídica actual con la entrada en vigor de la vigente Constitución el 29 de diciembre de 1978.