Marqués de Aguilar de Campoo, conde de Castañeda, señor de los valles de Toranzo, Iguña, Buelna, San Vicente, Rionansa y Tudanca, de las merindades de Peñarrubia y Peñamellera, del honor de Sedano, y de las villas de Piña, Abia, Villalumbroso, Santillana y otros pueblos.

También, canciller y pregonero mayor de Castilla, comendador del Horcajo en la Orden de Santiago, grande de España de primera clase.

Hijo de Bernardo Manrique de Lara, V marqués de Aguilar y de Antonia de la Cerda Aragón, hija de los duques de Medinaceli, nació en su fortaleza de la villa de Piña en 1594.

Juan Luis era aún muy niño cuando en 1597 falleció su padre. Por disposición testamentaria de este, será su madre, Antonia, la tutora y administradora de sus bienes. Sin embargo, en 1613 cuando Juan Luis tenía alrededor de dieciséis años, decidió abandonar la casa y tutela materna y comenzó a actuar de forma independiente siendo apoyado por quienes no aprobaban la gestión de la marquesa, que se había visto obligada a gestionar una Casa que el marqués Bernardo había dejado endeudada. Una provisión real del 3 de octubre de 1615 dada por Felipe III da al joven marqués licencia para gobernar sus estados pese a no tener aún veinte años. La situación económica de la Casa siguió siendo difícil cuando Juan Luis estuvo al frente; así, una sentencia de la Chancillería de Valladolid dada en 1619 le permite el pago gradual de las deudas dejadas por su padre y en una real cédula de Felipe IV del 23 de mayo de 1644 se le concede un aplazamiento del pago de la renta de varios censos por sus muchas deudas.

Pleiteó por la sucesión de la casa de Osorno con motivo del fallecimiento del conde Garci Fernández Manrique; en particular, por la posesión del mayorazgo de Galisteo y Fuenteguinaldo, instituido en 1436. Sus sucesores continuaron el pleito, que finalizaría dando la propiedad de dichas villas a la casa de los condes de Osorno.

También mantuvo litigios con miembros muy próximos de su familia, como su madre y hermana, quienes le reclamaron pensiones para alimentos tal y como le obligaba su posición como cabeza de la Casa.

En 1615 casó en primeras nupcias con Juana Portocarrero, hija de Juan Antonio, hermano del conde de Medellín y de María de Tovar Cárdenas, hija de los duques de Maqueda, con quien no tuvo sucesión.

En 1648, en segundas nupcias, casó con Beatriz de Haro y Avellaneda, hija de García de Haro y de María Avellaneda, condes de Castrillo.

Hijo de su segundo matrimonio fue:

1º Bernardo Fernández Manrique de Lara, que sigue la línea.

Fuera del matrimonio, mantuvo relaciones con Ana Cosío, dama noble natural de Valladolid.

Con ella tuvo a:

1º Juan Jacinto, fraile.

2º Juan Antonio, monje jerónimo.

3º José, también monje jerónimo.

4º Plácido, también monje jerónimo.

5º Juana, monja y abadesa de Santa Clara de Aguilar.

También fuera del matrimonio tuvo descendencia con Isabel Carcaño.

Fueron sus hijos:

1º Juan, canciller de Valladolid.

2º Isabel, monja.

El marqués otorgo testamento el 27 de junio de 1653 en Valladolid, falleciendo a los pocos días. Dejó como heredero a su hijo Bernardo, a quien encomendó el cuidado de sus hermanos naturales.