Compositor, pianista, director de orquesta, crítico musical y etnomusicólogo español. Discípulo de Enrique Granados, Felipe Pedrell y Risler.

Nació en 1888 en Palma. Hijo de Joaquín Samper, cantante de ópera, y de María Rosa Marqués; y hermano de Bautista Samper, organista de la Catedral de Mallorca. Inició su formación musical en su ciudad natal. Se trasladó en 1907 a Barcelona, donde estudió piano con Enrique Granados y composición, armonía e instrumentación con Felipe Pedrell. Durante esta etapa, amplió su formación en París con el pianista francés Édouard Risler. En Barcelona ofreció conciertos como pianista, además de componer y ejercer la crítica musical en el diario "La Publicitat"; también escribió artículos en "Mirador" y en la "Revista Musical Catalana. Publicó la monografía "Lluís Millet" (1922).

Recopiló e investigó sobre folclore dentro del proyecto "Obra del cançoner popular de Catalunya", cuyos materiales se publicaron, desde 1929, en diferentes volúmenes y fechas. El 11 de abril de 1932, agradeció a Manuel de Falla su adhesión al acto que le dedicó la Asociación de Música de Cámara de Barcelona.

Formó parte del equipo directivo de Ràdio Associació de Catalunya, y de la comisión organizadora del III Congreso Internacional de Musicología que tuvo lugar en Barcelona en 1936. Fue, junto con Manuel Blancafort, Roberto Gerhard, Joan Gibert Camins, Ricard Lamote de Grignon, Federico Mompou y Eduardo Toldrà, miembro del llamado grupo de Compositors Independents de Catalunya. Entre 1935 y 1938 dirigió la Orquestra Pau Casals y la Orquestra de Cambra de Barcelona.

Tras la Guerra Civil española, se exilió en Toulouse (Francia) donde trabajó como organista de la catedral. En 1942 llegó en el barco Nyassa a México y obtuvo la nacionalidad mexicana. Trabajó como profesor, orquestador para la radio, en el Teatro de la Ópera, y dirigió ocasionalmente la Orquesta Sinfónica Nacional. Ganó el Premio Ariel en 1945 con la banda sonora de la película "La barraca" de Roberto Gavaldón, otorgado por la Academia Mexicana de Ciencias y Artes Cinematográficas. Fue director del Archivo de Folklore Mexicano, y publicó "Investigación folklórica en México" (1964). Impartió cursos sobre este mismo campo en el Conservatorio Nacional de México, y recibió el diploma de miembro activo de la Sociedad Folklórica de México en 1947. Como compositor, escribió obras sinfónicas como la suite "Mallorca" (1929), "Ritual de pagesia" (1935), "La balada de Luard, el mariner" (1938), "Càntic espiritual" y "Concierto para piano y orquesta" (1941); música escénica como la ópera bufa "El rei de Bàbia" (1913) y la opereta "La corte de los milagros" (1916); para voz y piano, canciones como "Alpestre", "Plors" (1915), "Desig" (1916), "L'amor de les tres germanes" (1917), "Cançó de la sirena", "Cançó de taberna", "Enigma" (1935) o "Amor, tinc por" (1936); también piezas corales como "Cançó de l'espadar" (1933), "Pitchou ome" (1941) u "Oració de monja" (1947); para piano solo escribió "Variaciones sobre un tema original" (1921), "Danses mallorquines" o "Lai d'amour".

Casado con Adela Blasco. Falleció el 18 de febrero de 1966 en Ciudad de México (México).

El archivo personal de Baltasar Samper se conserva en el Archivo del Reino de Mallorca. Fue comprado en 2018 por el Govern de les Illes Balears a su nieto Ángel Samper Wilson, residente en México. El legado se compone de partituras originales, composiciones de otros autores dedicadas, correspondencia entre Samper e Isidor Macabich, caricaturas y dibujos, ediciones originales de los volúmenes de los materiales de la Obra del Cançoner Popular de Cataluña, en la que colaboró Samper, programas de conciertos, separatas y revistas diversas. Además, contiene obra inédita y correspondencia. El patrimonio musical de Baltasar Samper es uno de los más importantes del siglo XX.