Librero, impresor y mercader de origen florentino. Miembro de la conocida familia de los Junta o Giunti, importantes mercaderes de libros e impresores. En el siglo XV comerciaban con paños en la Toscana, pero gracias a la labor del famoso editor veneciano Lucas Antonio de Junta (1457-1537) que comienza su actividad en 1489, a mediados del siglo XVI la familia estaba presente en distintos lugares de Europa, con casas abiertas en Venecia, Florencia, Lyon y Salamanca.

Segundo hijo de Filippo o Felipe de Junta (1450-1517) y Lucrecia de Benedetto. Se formó en Venecia en el taller de su tío Lucas Antonio, pero siempre declaró su origen florentino. Según Marta de la Mano llegó a España hacia 1514, fruto de un proyecto bien madurado por su firma comercial para conquistar el mercado de libro castellano. Inicialmente fue factor de su familia y comerció principalmente con libros y lanas, estableciéndose en Sevilla y luego en Salamanca. En esta última ciudad se asoció con el librero de origen borgoñés Alejandro de Cánova, y juntos promovieron también la formación de una compañía para el comercio de libros que estuvo activa entre 1530-1534 en estrecha relación con la Universidad, la conocida Compañía de Libreros de Salamanca. Asociada con el lionés Gaspar Trechsel y el alemán Lorenzo Anticeno, la compañía salmantina estaba destinada a proveer al mercado español de libros procedentes de los principales centros productores de Francia y Alemania. Su balance originó un pleito comercial en la Real Chancillería de Valladolid cuyas secuelas se prolongaron hasta 1549.

En 1523 Juan de Junta entra en posesión de toda la hacienda de la casa veneciana de Lucas Antonio en España, y a partir de esa fecha las relaciones con la matriz veneciana de los dos libreros y compañeros serán de colaboración. En 1552 Alejandro de Cánova demandó judicialmente la disolución de su particular relación comercial con Juan por incumplimiento de las cláusulas del contrato y por la larga ausencia del italiano, del que aseguraba llevaba más de trece años en su país de origen, cargándole con el peso de la compañía. Durante los treinta años que duró su fructífera relación comercial, cultivaron también con éxito la tipografía y la edición. Aunque atendieron la demanda local de textos docentes o de investigación del mundo universitario, se especializaron en las grandes ediciones internacionales de textos jurídicos, teológicos o humanísticos.

En 1526 se casó con Isabel de Basilea (1505?-1576), hija del impresor y librero de origen alemán afincado en Burgos Fadrique de Basilea (1484-1517). A partir de 1527 Juan continuará además la actividad de su suegro en esa ciudad, en uno de los talleres pioneros en la introducción de la imprenta en España. El matrimonio tuvo dos hijos: Lucrecia y Felipe de Junta, que le sucedieron a su muerte con la razón "Herederos de Juan de Junta" firma comercial activa también en Burgos y Salamanca. Lucrecia se casó con el impresor Matías Gast (1553-1579) con quien tuvo numerosa descendencia, y Felipe con Isabel de Morales.

Testó en Salamanca el 10 de enero de 1558, donde murió ese mismo año.