Institución de enseñanza ilustrada creada el 6 febrero de 1771 a instancia de la Real Sociedad Vascongada de Amigos del País para el estudio de las Ciencias, Letras y Bellas Artes, la formación de las costumbres de los jóvenes y el estímulo de la prosperidad del país.

Al igual que otros seminarios de nobles destinados a la formación de las élites locales, pero desde una perspectiva ilustrada, la institución debería, según recogen sus estatutos, "enseñar las lenguas castellana, latina, francesa e inglesa y promover el estudio de las Matemáticas y Ciencias Naturales y de todas las demás disciplinas que concurren a formar las costumbres, la religión y la razón de los jóvenes". El seminario se hizo cargo del Colegio de Vergara o de la Visitación de Nuestra Señora de los jesuitas, que Carlos III había cedido en 1769 a la Sociedad Vascongada tras la expulsión e incautación de los bienes de la Compañía. Se puso efectivamente en marcha en 1776, y después de una primera etapa de esplendor durante el gobierno del Conde de Peñaflorida, sufrirá las consecuencias de la guerra y de los vaivenes políticos del siglo XIX.

En 1848 se estableció en el centro una Escuela Especial de Matemáticas y una Escuela de Comercio en las que se podían cursar estudios preparatorios para las carreras superiores, y en 1850 se creó una Escuela Industrial, una de las primeras que aparecieron en España, precursoras de las Escuelas de Ingenieros Industriales. La institución pasó entonces a denominarse Real Seminario Científico Industrial de Vergara. En 1861 desaparece la Escuela Industrial y poco después se trasladan los estudios propios de un Instituto Provincial a San Sebastián, lo que condujo a la supresión de la actividad docente del seminario. En 1880 se cedió el colegio a los padres Dominicos, que establecieron un internado que perduró hasta la proclamación de la Primera República en 1931.

El edificio es actualmente sede de la UNED y del Colegio Aranzadi.