El 24 de julio de 1936, a los pocos días de iniciarse la guerra civil española, los principales generales del bando sublevado constituyeron un gobierno provisional que recibió el nombre de Junta de Defensa Nacional. Cuando a finales del mes de septiembre dicha junta eligió al general de división Francisco Franco Jefe del Gobierno del Estado, éste promulgó una ley estableciendo una nueva estructura de la Administración Central en el territorio controlado por el ejército rebelde. Por esa ley de 1 de octubre de 1936 se crearon la Junta Técnica del Estado, la Secretaría de Relaciones Exteriores, la Secretaría General del Jefe del Estado y el cargo de Gobernador General, a los que se unió posteriormente la Secretaría de Guerra.

Esta organización permaneció vigente hasta la aprobación de la ley de 30 de enero de 1938 por la que se reorganizó la Administración Central del Estado. Todas las instituciones mencionadas fueron suprimidas y sustituidas por un Gobierno de la Nación compuesto por una Presidencia, una Vicepresidencia, un Secretaría y once Ministerios: Asuntos Exteriores, Justicia, Defensa Nacional, Orden Público, Interior, Hacienda, Industria y Comercio, Agricultura, Educación Nacional, Obras Públicas y Organización y Acción Sindical.

La Presidencia del Gobierno quedaba vinculada al Jefe del Estado, es decir, a la persona de Francisco Franco. Los ministros, reunidos con él, constituían el Gobierno de la Nación. El Vicepresidente y el Secretario del Gobierno serían elegidos entre sus miembros por el Jefe del Estado.

La Presidencia, la Vicepresidencia, la Secretaría y la mayor parte de los Ministerios tuvieron su sede en Burgos, mientras que el resto se repartieron entre Vitoria, Bilbao y Santander.

Las funciones de las instituciones suprimidas fueron asumidas por la Vicepresidencia y los Ministerios, cada uno en lo concerniente a sus respectivas competencias.

La Vicepresidencia asumió las funciones que hasta ese momento habían sido desempeñadas por la Presidencia de la Junta Técnica del Estado. Auxiliado por una Oficialía Mayor, el Vicepresidente se encargaba también de coordinar las actividades de los Ministerios y realizaba todas las funciones delegadas por el Presidente del Gobierno. Franco nombró Vicepresidente del Gobierno de la Nación al Ministro de Asuntos Exteriores, el teniente general Francisco Gómez-Jordana Sousa, que había sido el último presidente de la Junta Técnica del Estado. El Ministro del Interior, Ramón Serrano Súñer, fue nombrado Secretario del Gobierno.

Al principio dependieron de la Vicepresidencia del Gobierno la Subsecretaría de la Presidencia, el Instituto Geográfico y Estadístico, el Servicio de Marruecos y Colonias y el Servicio Nacional de Abastecimientos y Transportes.

Sin embargo, en marzo de 1938 el Servicio Nacional de Abastecimientos y Transportes pasó a depender del Ministerio del Interior, y en mayo de ese mismo año el Instituto Geográfico y Estadístico cambió su denominación por el de Instituto Geográfico y Catastral, al tiempo que eran desgajadas del mismo las funciones relativas a la estadística y la demografía, que fueron asignadas al Servicio Nacional de Estadística, dependiente del Ministerio de Organización y Acción Sindical.

La Administración Central del Estado fue reorganizada por una ley de 29 de diciembre de 1938 que modificaba la estructura del Gobierno: los ministerios se redujeron a diez, al unificarse los de Interior y Orden Público en un único Ministerio de la Gobernación, pero la Vicepresidencia del Gobierno no se vio afectada.

La ley de 8 de agosto de 1939 modificó de nuevo la Administración Central del Estado. Se estableció una nueva estructura ministerial: Asuntos Exteriores, Gobernación, Ejército, Marina, Aire, Justicia, Hacienda, Industria y Comercio, Agricultura, Educación Nacional, Obras Públicas y Trabajo.

En virtud del artículo tercero de la ley se suprimió la Vicepresidencia del Gobierno, cuyos organismos y funciones pasaron a depender de la Presidencia del Gobierno, exceptuando la Dirección General de Marruecos y Colonias, que pasó a formar parte del Ministerio de Asuntos Exteriores.

Se creó la Subsecretaría de la Presidencia, que asumió entre otras las funciones que hasta ese momento había desempeñado la Vicepresidencia del Gobierno.