Tras el Decreto de 12 de noviembre de 1931 sobre régimen y denominación de los archivos históricos de protocolos e históricos provinciales, es Huesca una de las primeras provincias en iniciar los trámites para la formación del archivo, formándose el 12 de diciembre de ese año la Junta de Patronato del Archivo Histórico Provincial. Su fondo inicial fueron los protocolos notariales de la provincia de más de cien años de antigüedad, que se instalaron en el edificio del cuartel de San Juan, hasta que en 1938 pasaron al Colegio Mayor de Santiago, edificio contiguo al Ayuntamiento de la ciudad. En 1984 se trasladó el Archivo a su sede actual. Además de otros fondos históricos, el Archivo recibe desde 1969 documentación producida por los distintos órganos de la Administración General del Estado en la provincia (Decreto 914/1969, de 8 de mayo, de creación del Archivo General de la Administración Civil) y desde 1993 la de Delegación Territorial y Servicios Provinciales del Gobierno de Aragón en Huesca (Decreto 12/1993, de 9 de febrero, de la Diputación General de Aragón, por el que se crea el Archivo de la Administración de la Comunidad Autónoma de Aragón). El 2 de junio de 1986 se firmó un convenio entre el Ministerio de Cultura y la Comunidad Autónoma de Aragón para la gestión de archivos de titularidad estatal, entre los que figura el Archivo Histórico Provincial de Huesca. El convenio, publicado por Resolución de 11 de julio de 1986, ha establecido que el Estado mantiene la titularidad de los fondos y edificios, pasando la gestión de los centros a ser competencia de la Comunidad Autónoma.