En la Facultad de Medicina de la Universidad de Alcalá se estudiaban principalmente dos cursos para poder ser médico, de Hipócrates y de Galeno, recibiendo dos lecciones diarias de ellos. Asimismo, los estudiantes tenían que realizar ejercicio profesional en las enfermerías de San Ildefonso, al igual que en los colegios pobres, y en los hospitales de San Juan de la Penitencia y en San Lucas. Los doctores que impartían las clases, también conocidos como Maestres, percibían un sueldo de 100 florines anuales.

Para conseguir en Bachillerato en Medicina, se precisaba tener estudios de Artes, al igual que tres años de cursos escolásticos. Tras ello, se le exigía al estudiante un quaestio con tres conclusiones, al igual que una defensa pública. Tras la graduación, precisaba de prácticas profesionales de seis meses o más con un doctor o un licenciado. Para obtener la Licenciatura, necesitaba una argumentación pública obligatoria donde expondría lo aprendido en el trienio, al igual que una lectura cursoria de medio curso en tres años, además de la lectura obligatoria del Canon de Avicena, y de un libro de Hipócrates y otro de Galeno. Para finalizar, debía realizar una disertación pública. Si el estudiante quería optar por el Magisterio, tenía que realizar un examen público de Avicena y, después, su currículum sería examinado para poder ejercer.