Santa María de Bellpuig de las Avellanes fue la primera abadía en Cataluña de canónigos premonstratenses. El cenobio se fundó a partir de la unión de dos comunidades. La primera de ellas estaba organizada alrededor del ermitaño, Joan d'Organyà, en Vilanova de les Avellanes. En 1166 se constituyeron como comunidad gracias al apoyo que recibieron por parte de los condes de Urgel Ermengol VII y de su esposa Dolça.

La segunda de las comunidades, que dio origen a Santa María de Bellpuig, era una filial del monasterio de Casadieu y se había establecido en el lugar en 1166. Se encontraba bajo la protección de Guillem d'Anglesola.

El mismo año, la intervención del abad de Casadieu (Occitania) hizo que se reunieran en Bellpuig los monjes que seguían la regla premostratense procedentes de los dos centros. Mientras, Joan de Organyà y algunos discípulos quedaron en Bellpuig Vell, donde murió entre el 1192 y 1195, quedando aquel lugar como centro de devoción a su figura.

Desde sus inicios Bellpuig recibió bienes de la nobleza: Ermengol VII de Urgell hizo donación de la Iglesia de Santa María de Bonrepòs i la villa de Bellcaire, también dispuso que fueran enterrados aquí sus restos. Murió en 1184. Ermengol VIII, hijo del anterior, y Alfonso I el Casto, siguieron con las donaciones a la comunidad. Ermengol VIII aportó al monasterio la preciada reliquia de la sandalia de la Virgen, ahora perdida.

Bellpuig recibió en 1224 el hospital de Sant Nicolau de Fondarella (el Pla d'Urgell) institución que había sido fundada en 1220 por Guillermo II de Anglesola. En este lugar estableció un nuevo monasterio, que se mantuvo hasta el siglo XVI como dependiente de Bellpuig. El siglo XIII está marcado por un periodo de máximo esplendor, las donaciones se sucedieron, incrementando su patrimonio.

A principios del siglo XIV se llevaron a cabo las grandes obras del cenobio, época que coincide con el estancamiento e inicio de la decadencia, que se prolongó y agravó con el tiempo. Sufrió los efectos de la Peste Negra. En 1350, la condesa Cecília, viuda de Ermengol X, hizo una donación al monasterio, que se encontraba en un estado lamentable y por respeto a su marido enterrado en dicho monasterio.

Entre el 1479 y 1547 se eligieron ocho abades comendatarios al frente del monasterio, lo que no ayudó nada a reponerse. Seguidamente se hicieron varios intentos de supresión de la comunidad. Entre el 1611 y 1616 el abad fue encarcelado pero logró mantener vivo el monasterio.

La decadencia era muy grave, y al inicio del siglo XVIII estaba casi en ruinas. Más tarde se detecta un resurgimiento, y el cenobio fue restaurado, tanto físicamente como en su vertiente espiritual, con abades de gran prestigio.

En 1810 el lugar fue abandonado con motivo de la invasión de los franceses. En 1813, a su regreso, los monjes encontraron el lugar devastado y lo empezaron a reconstruir.

En 1835 el lugar fue confiscado y pasó a propiedad del Estado, que lo puso a la venta. Una vez extinguido el monasterio y con los monjes expulsados, sus bienes fueron perdiéndose, entre los cuales su importante biblioteca.

En 1906 fue adquirido por el banquero Agustí Santesmases, el cual vendió en 1906, y por 15.000 pesetas, los sarcófagos del conde Ermengol X, los de los condes Àlvar I y su esposa Cecilia de Foix y el de Àlvar de Urgell. Las piezas fueron a parar a Nueva York, en The Cloisters del Metropolitan Museum of Art. Los restos de los personajes fueron enterrados en Vilanova de la Sal y devueltos a Bellpuig en 1967.

Desde 1910 existe un seminario y noviciado de los hermanos maristas, que restauraron el antiguo monumento, y ahora con servicios de hospedería.