El Monasterio de Santa María de Benevívere fue fundado en el siglo XII por Don Diego Martínez de Villamayor, un noble castellano de la familia de los condes de Bureba, que fue muy influyente en la corte de su tiempo. Fue consejero de Alfonso VII y Sancho III, y tesorero de Alfonso VIII. Después de quedar viudo, decidió retirarse y dedicarse a la vida contemplativa. Así, dirigió la creación de la abadía en 1169.

El monasterio fue habitado por canónigos regulares de San Agustín y fue aprobado hasta en cuatro ocasiones por la Santa Sede a través de bulas apostólicas, en 1178 por Alejandro III, en 1183 por Lucio III, en 1284 por Inocencio IV y 1483 por Eugenio IV. La abadía también tuvo como patrocinadores a otros dos monasterios agustinos; el de Trianos (León) y el de Villalbura (Burgos).

Había otros seis prioratos dependientes de la abadía: Santiago de Tola (Valladolid), San Salvador de Vallarramiel (Palencia), San Martín de Pereda (León), Santa María de Pereda (Zamora), Nuestra Señora de Mañino (Palencia) y el Hospital de San Torcuato, establecido por el fundador como hospital de peregrinos del Camino de Santiago junto a la abadía, donde los monjes prestaban servicio. La abadía también era importante desde el punto de vista agrícola en la zona.

Los monjes perdieron la propiedad del monasterio durante la desamortización de 1835, liderada por Mendizábal. La abadía fue vendida en 1843 y casi demolida por completo, a pesar de los esfuerzos de la Comisión Central de Movimientos por evitarlo.

El Poema de Benevívere fue escrito en el monasterio a principios del siglo XIII. El poema cuenta la historia de Diego Martínez de Villamayor, que aspiraba a ser un santo, y el rey Alfonso VIII de Castilla. Es una especie de contraste entre los objetivos e ideales religiosos y seculares, y la íntima relación entre ambos.