Francisco Enriquez de Ribera, primo de Fernando el Católico, V Adelantado mayor de Andalucía y Señor de Bornos en 1493 en el capítulo privado de tal año hacía entrega de la donación y fundación del convento. En su testamento hace entrega de todos sus bienes a este santo lugar, entre ellos el señorío de Bornos.

Las obras comenzaron con el capítulo general de 1501, haciéndose cargo de ellas Alonso de Segovia, profeso de San Jerónimo de Córdoba. La reja está forjada en 1629. EN 1529 se propone hacer un campanario nuevo, lo que nos da idea de que la construcción debía de ser pobre, a pesar de ser una de las casas jerónimas más ricas de Andalucía. Sigüenza (1544-1606) dice que el claustro era de mármol. En 1505 empieza a habitarse, trasladando a cuatro monjes de Guadalupe y cuatro de Montamarta.

Francisco Enríquez de Ribera residió en el cenobio desde la muerte de su esposa, Beatriz de Ribera (Señora de la casa Ribera) en 1507 hasta su fallecimiento en 1509. En un principio fue enterrado el 9 de febrero de 1509 como un religioso más, sin ninguna ostentación en el claustro, para finalmente, por el amor que le profesaba la comunidad, fueron trasladados a sepulcros de mármol, costeados por los monjes y con permiso de bula papal, al presbiterio.

Su hermano, Fabrique Enriquez (1476-1539) cuatro días después del conocimiento del testamento, se personó en el cenobio con el resto de sus hermanos, pues no habían heredado más que los bienes de mayorazgo. Se opuso mediante pleito, y fuerza, llevándose cuantos bienes de plata y objetos valiosos encontró. El pleito llegó al Consejo Real mediante el general Fray Alonso de Ureña, fray Alonso de Segovia y Francisco de Madrigal, Vicario de San Jerónimo en Madrid. Se resolvió, mediante provisión real que la herencia pasara a manos de la Corona Real, y de la Santa Cruzada en su nombre pues le pertenecían. Le costó la renuncia al Prior del monasterio, pues se intuye cierta corrupción. En un segundo juicio, Fabrique Enríquez embargó todas las rentas del monasterio, poniéndolo en peligro de desaparición, por falta de monjes y de rentas (recordemos lo poco dado al trabajo agrícola que es la orden jerónima).

A pesar de perder el juicio mantienen la obligación de costear la terminación de la Iglesia de San Mateo de Tarifa.

Fray Alonso de Granada, que estudió minuciosamente los documentos, asegura que el convento nunca llegó a poseer la Villa de Bornos.

Del monasterio dependía el Colegio de la Sangre, que fue inaugurado por Juan Ribera en 1597.

En tiempos de Sigüenza el claustro, que podía albergar hasta 25 monjes, en ocasiones más, sirvió de hospedería.

En 1755 a causa del terremoto de Lisboa sufrió numerosos desperfectos.

El 14 de Marzo de 1810 serían expulsados, para regresar en 1814, de nuevo sufrieron la desamortización de 1820 para volver en 1823 y cerrar, definitivamente en 1835.

El convento pasó a ser una almazara, la iglesia sirvió como cine hasta 1960. Los almacenes y oficinas que actualmente (1997) lo ocupan han borrado toda pista del monasterio, salvo su estructura original.

Una vez desamortizado el convento, los restos de Francisco Enriquez y Beatriz Ribera, vagaron hasta encontrar acomodo en las clarisas.