Como indican las últimas excavaciones arqueológicas realizadas entre los años 1983 y 1987, el Monasterio de San Miguel de Escalada encuentra sus orígenes sobre un antiguo lugar de culto de época tardorromana e hispano-visigoda (siglos IV-V).

Según una inscripción hoy desaparecida pero de la que se conserva la trascripción que incluyó el padre Risco en el tomo XXXV de la España Sagrada, se habría levantado en el siglo VIII un pequeño templo dedicado a San Miguel.

Tras la ocupación árabe, este edificio permaneció arruinado hasta la llegada del Abad Alfonso procedente de Córdoba, quien lo restauraría en tiempos de Alfonso III (866-910), rey astur a quien se debe el dominio y la repoblación del Valle del Duero. Finalmente, la iglesia monacal actual se habría levantado al final del reinado del primer rey astur García I, el cual fija su residencia (antes en Oviedo), en la ciudad de León.

Después de poco tiempo, debido al crecimiento de la comunidad, también formada por familias de seglares que acompañaban a los monjes en la repoblación, levantaron en un solo año una nueva iglesia. El nuevo templo de planta basilical fue inaugurado por el Obispo Genadio de Astorga el 12 de diciembre del año 913.

En el año 926 se copió y minió en el monasterio el manuscrito mozárabe "Comentario al Libro del Apocalipsis del Beato de Liébana", conocido también como "el Beato de San Miguel de Escalada", que actualmente se conserva en la Biblioteca Morgan de Nueva York.

En el año 1050, siendo abad Sabarico, se renovó la fundación bajo la regla de San Benito, sustituyéndose con toda probabilidad a la de San Isidoro.

En 1155 el monasterio es cedido por el Rey Alfonso VII y su hermana Sancha Raimúndez a una comunidad de agustinos dependientes de la abadía francesa de San Rufo de Aviñón y empieza a conocerse el monasterio como el Priorato, repartiéndose los monjes de Escalada entre el cercano monasterio de Eslonza y el de Sahagún.

A mediados del siglo XIV la casa sufrió una época de gran decadencia, y la comunidad se vio muy reducida en su número. Se produjeron además enfrentamientos entre los canónigos de san Agustín con el obispado.

En 1605 los dominicos de Trianos se quedaron con buena parte de las propiedades de Escalada, empeorando mayormente la instabilidad del monasterio.

Con la Desamortización de Mendizábal (1835), las últimas posesiones del monasterio fueron expropiadas, desapareciendo los edificios monásticos, convirtiéndose en parroquia.

Con fecha 28 de febrero de 1886, fue declarada Bien de Interés Cultural.