El origen de San Pedro de Eslonza se enmarca en el contexto de la reconquista del territorio leonés, momento en el que también se fundaron otros monasterios de la zona como el de Sahagún y San Miguel de la Escalada.

El documento más antiguo que se conserva de este cenobio data del año 912, un pergamino original que recoge la donación de varias iglesias a este monasterio por parte de García I de León, hijo de Alfonso III el Magno, lo que indica que ya existiría una comunidad establecida anteriormente en el lugar. Algunos investigadores hablan que podría remontarse a época visigoda y que en esos momentos estaría dedicada a Santa Eulalia y San Vicente.

El hecho de que ya existiera una comunidad anterior hace suponer que la donación de García I, mas que una fundación, supuso un impulso y ampliación a la comunidad ya existente. Ordoño II hizo una nueva donación de bienes en el año 918 que fue mejorando las condiciones del Monasterio y es en este periodo cuando quedó bajo la advocación de los Apóstoles Pedro y Pablo, bajo la regla de San Benito.

El desarrollo de la comunidad se truncó en el año 988 cuando las tropas de Almanzor entraron en León destruyendo la ciudad y los monasterios de su entorno: Eslonza, Sahagún, etc. Este acontecimiento hizo que durante el siglo X la vida monástica continuara en San Pedro de Eslonza pero de una manera muy precaria, hasta que en el año 1099, la infanta doña Urraca, hija de Fernando I de León, se convirtió en su protectora y volvió a restaurar el monasterio dotándolo de más territorios y privilegios.

Durante el siglo XII continuó recibiendo donaciones, tanto de reyes como de particulares, llegando a ser el segundo monasterio más importante de la provincia de León, después de San Benito de Sahagún. Entre sus posesiones se encontraban monasterios e iglesias en Asturias y en León, villas, tierras, molinos y una importante colección de libros y joyas. Además, el abad de Eslonza ejercía la jurisdicción civil y criminal en sus territorios.

La decadencia del Monasterio de Eslonza llegó a finales del siglo XV y principios del XVI lo que llevó a Fernando el Católico a patrocinar su incorporación en 1512 a la Congregación de San Benito de Valladolid, con la aprobación de León X mediante sendas bulas papales; sin embargo, la comunidad religiosa parece que se opuso a esta medida y el traslado no llegó a concretarse.

En época de Felipe II el Monasterio logró cierta recuperación y se realizaron obras de restauración en el claustro y la iglesia. Es ya durante la Guerra de la Independencia cuando las dificultades volvieron a San Pedro de Eslonza, momento en el que los monjes tuvieron que abandonar por un tiempo el centro, sufriendo éste un gran deterioro. Cuando regresaron, los pocos religiosos que lo hicieron, tuvieron que vivir en condiciones muy precarias, hasta que en 1835, con el decreto de Desamortización, se llevó a cabo la exclaustración y posterior venta del monasterio.

El monasterio no ha vuelto a acoger a ninguna comunidad religiosa y en 1931 el edificio fue declarado Monumento Histórico.