Los orígenes de este monasterio asturiano se remontan al siglo XI según una inscripción conmemorativa situada en el claustro, hoy desaparecida, que atribuía la construcción de la primera iglesia a dos influyentes nobles asturianos: Alfonso Suárez y su esposa, Cristilda. No obstante, parece que fue el rey Fernando I el Magno el que impulsó la puesta en marcha de una comunidad religiosa estable en el centro.

La documentación que se conserva de su periodo inicial es escasa -la primera referencia documental conservada es de 1112-. Parece que estuvo regentado por benedictinos al menos desde el siglo XII y formó, a base de donaciones y adquisiciones, un importante dominio que fue incrementándose durante los siglos XIII y XIV. Un ejemplo fue la dotación que le concedió Doña Urraca, nieta del fundador, cediéndoles en posesión todos los contornos y pueblos limítrofes. Como etapa reconocida en la ruta jacobea parece que tuvo hospedería para peregrinos abierta desde 1198.

En el siglo XV San Salvador de Celorio pasó por una etapa de cierta decadencia que duró hasta 1531 cuando entró a formar parte de la Congregación de San Benito de Valladolid. Posteriormente, en mayo de 1544, Fray Diego de Sahagún, General de la Orden de San Benito, une a Celorio el monasterio de San Antolín de Bedón, quedando éste convertido en Priorato.

Durante el siglo XVII se reedificaron la iglesia y otras dependencias monásticas pero los problemas volvieron a San Salvador de Celorio con la invasión napoleónica. Tras este periodo el monasterio apenas pudo ya recuperarse y en octubre de 1835, se clausuró definitivamente obedeciendo al Real Decreto de Mendizábal. El momento concreto vivido por la comunidad religiosa cuando fue exclaustrada del monasterio fue recogido en un poema conocido como "Despedida de Celorio" y supone un testimonio de primera mano sobre las consecuencias que tuvo el proceso de desamortización en estos centros.

El edificio durante el siglo XX pasó por diferentes etapas, propietarios y reformas que le han dado ido dando distintos usos: casa de peregrinos, taller de artes, ejercicios espirituales de la compañía de Jesús, etc.