La mayoría de las fuentes sitúan la fundación del Monasterio de San Salvador de Cines a principios del siglo X, probablemente entre el 909 y el 911, cuando el conde Alvito y su esposa Paterna lo fundaron como un monasterio de carácter familiar y dúplice, monjes y monjas, bajo la advocación de San Salvador. Seis años después los descendientes de los nobles fundadores efectuaron diversas donaciones y acotaron, mediante escritura, las propiedades del Monasterio.

La presencia de la comunidad femenina finalizó en 1108, tras un conflicto entre los propietarios (la familia Froilaz de Traba) y el abad de Cines, en el que tuvo que mediar el Papa Pascual II, momento en el que se cree que adoptó la Regla de San Benito. En una donación a Cines de marzo de 1201 se mencionan como patronos del monasterio a "Domino Sancto Saluatori, et Sancte Marie Virgini, et Sancto Nicholas, sancto pater Benedicto", lo que hace suponer que ya era benedictino; no obstante, la primera mención clara de la pertenencia de la congregación a la orden benedictina no llega hasta 1349 en un traslado de las escrituras del Monasterio.

Durante los siglos XIV y XV las constantes disputas nobiliarias hicieron pasar a San Salvador de Cines por un largo período de decadencia pese a los distintos mandatos reales promulgados por Juan I, Enrique III o Enrique IV que intentaron, sin mucho éxito, proteger al monasterio.

En noviembre de 1494 el prior de San Benito de Valladolid y reformador general de la Congregación benedictina, tomó posesión de Cines en nombre de dicha congregación y durante los primeros años del siglo XVI siguió funcionando como abadía. En 1518 desaparece como monasterio anexionando sus bienes a San Martiño Pinario.

La iglesia parroquial paso a la advocación de San Nicolás en 1836, y como tal continúa en la actualidad. Fue declarada Monumento Histórico Artístico en marzo de 1981.