Desde el s. V existía en Valencia, en el lugar de la Roqueta, un martiryum donde, según la tradición, estaba ubicada de tumba de San Vicente mártir, diácono del obispo Valero en Zaragoza que había sufrido martirio durante la persecución de Diocleciano. Jaime I, antes de completar la conquista de Valencia, ya quiso construir un monasterio en el lugar del enterramiento de San Vicente.

En 1232 cedió el lugar a los monjes benedictinos de San Victorian de Asán, que tomaron posesión del lugar en 1238, firmándose el patronato de Jaime I el 9 de enero de 1239 y comenzando al año siguiente las obras de la iglesia, monasterio y hospital. Los monjes de Asán abandonaron el convento en 1255 debido a las continuas fricciones con la corona. Los monjes mercedarios fueron los siguientes en habitar el monasterio, pero sólo estuvieron cuatro años, hasta 1259, año en que regresaron los monjes de Asán.

En el año 1289 abandonan definitivamente el convento los monjes de San Victorian de Asán, pasando a habitar la casa los cistercienses, que permanecerían allí hasta el fin del monasterio. La comunidad de monjes nunca fue muy numerosa, habitando 11 religiosos el monasterio en la primera mitad del s. XV. El proceso constructivo siguió durante toda la vida del monasterio, así, entre los s. XIV y XV se construyeron varias capillas al rededor de la iglesia y el s. XVII se produjo una profunda renovación de ésta y de las dependencias monásticas situadas en torno al claustro.

Durante la Guerra de la Independencia los monjes tuvieron que abandonar el monasterio, que fue utilizado como cuartel por las tropas francesas. Una vez terminada la contienda regresaron a él, pero en 1835 el convento cerró definitivamente sus puertas tras la aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizábal.