La primera constancia documental del monasterio se tiene con una donación de carácter fundacional de Alfonso VII en 1144. Por aquel entonces el monasterio estaba en manos de la orden benedictina. Se desconoce cuando pasó a ser cisterciense, pero se ha interpretado que la fecha podría ser 1147, no obstante, lo que está claro es que en 1179 Alejandro II firmó una bula por la que confirmaba la condición cisterciense del monasterio de Sacramenia.

El monasterio contó con grandes donaciones, derechos y rentas. No obstante, en el s. XIII la comunidad se encontraba en decadencia. En la segunda mitad del s. XV el edifico fue asaltado por Pedro de Luna. Con la entrada del monasterio en la Congregación de Castilla en 1481, el monasterio abrazó la reforma de la vida monacal que en esos años se estaba instituyendo y recuperó parte del prestigio perdido. En 1647 el monasterio sufrió un grave incendio que obligo a llevar a cabo obras de reparación.

En el s. XIX comenzó la recta final de la vida del monasterio. Sufrió una primera exclaustración durante la Guerra de la Independencia, volvieron los monjes, pero en 1820 durante el Trienio Liberal se aplicó al monasterio la Ley sobre monasterios y conventos de 25 de octubre, por lo que tuvieron que abandonar de nuevo, para regresar en 1823 con la llegada de Fernando VII. En 1835 el convento cierra definitivamente sus puertas tras la exclaustración decretada por Mendizábal.

En 1925 el claustro del monasterio tuvo un triste final, y es que, Arthur Byne, que durante 20 años de estancia en España realizó un expolio de patrimonio artístico, lo compró por 40.000 dolares para decorar la mansión del magnate de la prensa norteamericano William Randolph Hearst. Tras la muerte de Hearst las piedras de Sacramenia fueron adquiridas por dos empresarios. Desde 1964 el claustro y otras dependencias de Sacramenia, forman parte del Monastery of St. Bernard of Clairvaux Church, en Miami.