Los orígenes de este monasterio localizado en tierras de Trasmiera parecen remontarse al primer tercio del siglo IX, aunque hay autores que lo datan en el siglo anterior o incluso antes. Actualmente sólo se conserva su iglesia, reconstruida en época gótica, y convertida en iglesia parroquial del municipio de Santoña.

La historia de este monasterio se ha reconstruido básicamente con fuentes documentales conservadas en el propio monasterio de Santa María del Puerto y custodiadas en la actualidad en el Archivo Histórico Nacional. El nombre del monasterio aparece documentado por primera a través de su abad Zecius, en el año 836, testificando la fundación de otro monasterio, el de San Andrés de Asía, cerca de Santoña.

De años posteriores hay documentos conservados en el cartulario del propio monasterio, de los años 863 y 927, y del cartulario de Santa Maria de Valpuesta del 9l9. En el siglo X parece ser que la vida del monasterio atravesó una época conflictiva en la que probablemente intervinieron factores de orden diverso como incursiones costeras y rapiñas de los normandos o problemas de rebeldía frente al poder astur.

En época de García Sánchez III de Navarra (1035-1054), el monasterio fue restaurado y se le otorgó un fuero, aunque la autenticidad de este documento ha sido puesta en duda. Algunos investigadores hablan que más que una restauración propiamente dicha, lo que se produjo fue la reorganización tanto de la vida monástica como del dominio en la que ésta se apoyaba.

Es en este contexto se enmarca la polémica sobre la verdadera pertenencia o no de este monasterio a la casa benedictina. Hay investigadores que la defienden en el marco de esa reforma y hay otros que, revisando todas las escrituras del cartulario de este monasterio, no han encontrado ningún signo que confirme la introducción en el mismo de la observancia benedictina.

En 1052 fue incorporado por un corto período de tiempo al Monasterio riojano de Santa María la Real de Nájera. Esta breve anexión no impidió el crecimiento de Santa María del Puerto que, a comienzos del siglo XII, alcanzó su máxima expansión con más de cincuenta iglesias dependientes por toda la comarca trasmerana. A mediados de este siglo volvió a pasar a depender de Nájera y a comienzos del XIII entró en decadencia coincidiendo con la casa madre riojana.

Algunos investigadores hablan que esa última etapa de crisis supuso su desaparición a mediados del siglo XIII, otras fuentes se basan en el manuscrito del Becerro de las Behetrías (también conocido como Becerro de las Merindades de Castilla) para argumentar que el Monasterio, en 1487, aún pertenecía al de Nájera y otros autores trasladan su desaparición definitiva hasta 1754 al fundarse la diócesis de Santander.