Magdalena de Ulloa, devota de la orden de la Compañía de Jesús y viuda del mayordomo de Carlos V, Luís Quijada, que murió luchando en la guerra contra los moriscos en Granada, promueve la construcción de un Colegio-Noviciado para los jesuitas de la Provincia de Castilla, en Villagarcía de Campos, en cuya iglesia serían enterrados ella y su marido.

Debido a la amistad de Magdalena de Ulloa y Francisco de Borja, por aquel entonces General de la Compañía de Jesús, no se produce ningún impedimento para llevar a cabo el proyecto, y así se construye la iglesia, que alcanzará grado de Colegiata y será dedicada a San Luís IX, rey de Francia, y el resto de edificios del Colegio-Noviciado.

En 1577, se traslada definitivamente el noviciado y allí permanece hasta la expulsión de los jesuitas en 1767. El número de alumnos fue incrementándose de forma rápida, así en 1585 había 200 niños y 330 estudiantes, y en 1730 ya se superaba el millar. Un hito muy importante en el Colegio-Noviciado, fue la implantación de una imprenta en 1756, bajo el rectorado de Francisco Javier de Idiáquez, desde la cual se distribuyó a toda España, Portugal, América y Filipinas, clásicos greco-latinos. Imprimiéndose así ediciones escolares de gramática, retórica, vocabulario y fraseología. Para ello, hizo traer los tipos griegos desde Holanda. Sus ideas programáticas las plasmó el rector en Prácticas e Industrias para promover las Letras Humanas.

Un ilustre estudiante y habitante de este Colegio, fue el P.Isla (José Francisco de la Isla de la Torre y Rojo), famoso por su obra Historia del famoso predicador Fray Gerundio de Campazas, alias Zotes.

En 1767, Carlos III estableció un decreto para expulsar a los jesuitas, así el 4 de abril, partieron al destierro, para volver en 1816, para sólo estar 4 años, ya que Fernando VII, decretaría la expulsión definitiva en 1820. Anteriormente el Colegio había servido de cuartel a las tropas francesas, entre 1808 y 1809, en la Guerra de la Independencia.