Fue el 1 de enero de 1917 cuando José Juan Dómine, Vicente Ferrer, Joaquín Tintoré y Enrique García crearon una nueva compañía mediante la fusión de sus respectivas empresas armadoras. Nació así la Compañía Trasmediterránea, con un capital social de 100 millones de pesetas y 45 buques. La sede social, construida ese mismo año, se ubicó en la Via Layetana de Barcelona. Asimismo, se abrieron delegaciones en Madrid, Valencia, Alicante, Sevilla y Canarias. En los primeros 5 años, el valor de la flota había pasado de 46 a 111 millones de pesetas. En abril de 1923, la Junta General decide trasladar la dirección de la Compañía a Madrid, permaneciendo el domicilio social en Barcelona. El cambio político debido a la implantación de la República, en abril de 1931, tuvo inmediatas consecuencias en la nomenclatura de la flota de Trasmediterránea. Aquellos buques que ostentaban en su popa y amuras los nombres de miembros de la Familia Real y de políticos de la Monarquía, hubieron de cambiarse por disposición gubernativa y Trasmediterránea acordó imponerles nombres de ciudades. Con el estallido de la guerra civil en 1936, la dirección de la Compañía se trasladó de sede, en esta ocasión a Cádiz. Durante tres años, la flota quedó dividida en ambos bandos, y fueron muchos los barcos que se perdieron, hundidos o embarrancados. Finalizada la guerra, Trasmediterránea procede a una ambiciosa reconstrucción de su flota. En el mes de octubre de 1975, con motivo de la evacuación del personal civil y militar de los territorios del Sahara, prestaron servicios extraordinarios los buques Ciudad de Huesca, Plus Ultra, Isla de Formentera, Ciudad de La Laguna y Villa de Agaete, que realizaron 23 servicios para la evacuación de La Agüera, Villa Cisneros y el Aaiun. En las mismas fechas, el nuevo buque J.J. Sister, construido en Unión Naval de Levante, efectuó su viaje inaugural en la línea Barcelona-Cádiz-Canarias.

En 1978 Transmediterránea pasó a ser Sociedad Estatal al adquirir el Estado la mayoría del capital social de la Compañía, para garantizar la continuidad de lo que en lo sucesivo iba a denominarse Servicio de Comunicaciones Marítimas de Interés Nacional. El 26 de enero de 1998 entra en vigor un nuevo contrato de servicio de navegación de interés público entre Puertos Peninsulares y Puertos de las Islas Baleares, Islas Canarias, Ceuta y Melilla. Este contrato se refiere al servicio marítimo regular de pasajeros y vehículos en régimen de equipaje.

Tras 25 años de existencia como empresa pública, la Sociedad Estatal de Participaciones Industriales SEPI inicia, el 2 de octubre de 2001, el proceso de privatización de Trasmediterránea. El Consejo de Administración de SEPI, celebrado el 30 de julio de 2002, adjudica Trasmediterránea al consorcio formado por Acciona Logística, la Caja de Ahorros del Mediterráneo, Compañía de Remolcadores Ibaizábal, Agrupación Hotelera Dóliga, Suministros Ibiza y Naviera Armas.