Se creó formalmente por R.D. de 30 de noviembre de 1714 con la denominación de Secretaría de Estado y del Despacho Universal de Marina e Indias. Un año más tarde (R.D: de 28 de abril de 1715) es suprimida, pasando sus asuntos a depender de la Secretaría del Despacho de Guerra. Reaparece con la misma denominación en 1721 (R.D. de 14 de enero) continuando como tal hasta 1776 (30 de enero) que se desglosan definitivamente los asuntos de Indias como Secretaría independiente. En 1790 al suprimirse la Secretaría del Despacho de Indias los asuntos relativos a armadas de ultramar pasan a depender de Marina. Continúa como tal Secretaría durante todo el siglo XVIII y entra en el XIX sin grandes cambios en su organización y funciones. Aunque el Estatuto de Bayona de 1808 y la Constitución de 1837 empleen la voz ministro para referirse a los secretarios del despacho, ambos términos se van a usar como sinónimos hasta 1851 (R.D. de 20 de septiembre por el que se crea el Ministerio de Fomento) que se hace oficial la denominación de ministerios y, en consecuencia pasa a llamarse Ministerio de Marina. Para el gobierno de las Indias se creó en 1863 el Ministerio de Ultramar. La "planta" apenas varió, salvo en el aumento del número de personal, a lo largo del tiempo: un secretario, oficiales jefes de las "mesas" o negociados, escrivientes, archivero, portero y otros auxiliares. Al igual que el resto de las secretarías en su ámbito competencial, asume por la "vía reservada" los asuntos que competían al Consejo de Guerra y al Consejo de Indias (quedándose éstos con la función judicial); define la línea política a seguir y los medios para conseguir los objetivos, responsabilizándose sólo ante el Rey. Sus funciones en general consistían en asegurar la política defensiva en el ámbito marítimo, con competencias privativas sobre los arsenales y astilleros de la armada, expediciones, corso y seguridad del comercio marítimo, provisiones de víveres, pertrechos y municiones de guerra, sanidad militar y todo lo concerniente al personal civil y militar dependiente. Respecto al ámbito americano, se reúnen en ella todos los asuntos de gobierno, guerra, hacienda, comercio y navegación del Nuevo Mundo. Estas funciones solían desarrollarse por "mesas" o negociados respectivos. Territorialmente, sus competencias se extendian a las costas de la Península, Islas Baleares y Canarias; de 1721 a 1776 y a partir de 1790 al Imperio Ultramarino.