Esta Junta fue creada en 1560 para dirimir los conflictos entre los tribunales eclesiásticos y las Órdenes Militares. Estaba integrada por consejeros del Consejo de Castilla y del Consejo de Órdenes, y las reuniones se celebraban en la sala de Justicia de este último Consejo.

En el año 1583 estaba formada por cuatro Consejeros, dos de Castilla y dos de Ordenes, y eran pagados con cargo a los respectivos tesoros, o fondos para pleitos de las órdenes militares.

La Junta fue suprimida en 1836.

La documentación de la Junta Apostólica fue transferida por el Tribunal Especial de las Órdenes, a finales del siglo XIX, junto con la documentación del Consejo de Órdenes del Antiguo Régimen, por lo que se custodia en la sección de Órdenes Militares del Archivo Histórico Nacional (Madrid).