El servicio de millones se vota en Cortes por primera vez durante el reinado de Felipe II, en el año 1590, dadas las necesidades económicas de la corona derivadas de la derrota bélica de la Armada Invencible.

Sin embargo, lo que comenzó siendo un recurso excepcional, se convirtió pronto en una nueva forma de recaudación de la hacienda pública.

Su gestión se encomendó en principio a una Comisión de Millones dentro de la estructura de las Cortes. En las Cortes de Madrid de 1655-1658 se introdujeron importantes modificaciones en la organización de dicha Comisión de Millones: Cesan los Superintendentes de la Contaduría de cuentas de millones y se decreta que la Comisión de Millones se agregue como una Sala especial al Consejo de Hacienda, denominándose a partir de entonces, Contaduría de Millones y en ella se verán también los negocios de justicia.

Esta Contaduría estará formada por el Gobernador y tres ministros, más cuatro comisarios del reino. Durante este período, para recaudar el servicio de millones se aplicará el sistema de arrendamiento por provincias.

En el siglo XVIII, con la llegada de los Borbones y la reestructuración de la Hacienda, el servicio de millones pasa a ser gestionado por la Contaduría General de los Servicios de Millones, que se crea junto a las Contadurías de Valores y Distribución.

El servicio de millones fue suprimido durante la vigencia de las Cortes de Cádiz en 1813 y reestablecido transitoriamente por Fernando VII en 1823.