Francisco Tomás Borja Centelles, nació en Gandía el 21 de noviembre de 1551. Fue grande de España, VI duque de Gandía (1592-1595), III marqués de Llombai (1572-1593), además de señor de Turís, de Chella, de Realenco, de la Vall de Gallinera, de la Vall d'Ebo, de Corbera, de Castelló de Rugat (1592-1595) en el Reino de Valencia. Por vía materna, y aunque siempre en litigio, era el heredero del condado de Oliva, y las baronías del valle de Ayora y Cofrentes, de Pego y de Murla, Orba y Laguar en el reino de Valencia. También fue heredero de las encontradas de Monteagudo, Anglona, Ósilo, Márguine y Cóguinas, en el Reino de Cerdeña, siendo estos últimos territorios conocidos con el nombre de "Estados sardos de Oliva".

Fue el hijo primogénito de Carlos Borja Castro, V duque de Gandía, y Magdalena Centelles Cardona, V condesa de Oliva. Por tanto, fue hermano de Leonor, Pedro, Isabel, Magdalena, Ana, Luis, Alfonso Mateo y María Magdalena, además de nieto de San Francisco de Borja.

Como señor de vasallos, cabe destacar que con su nacimiento estaba destinado a unificar el mayorazgo del ducado de Gandía, que le vino por vía paterna, con el condado de Oliva, por vía materna, aunque todo esto tuvo matices, especialmente por fallecer antes que su madre.

Además, sus progenitores tuvieron que litigar durante toda su vida por consolidar su posesión sobre la herencia de los Centelles, prevista en las capitulaciones matrimoniales de sus padres (1548). En ellas se establecía que su madre Magdalena debía de convertirse en la V condesa de Oliva en caso de que su tío Pedro de Centelles muriera sin descendencia, como así ocurrió.

A pesar de ello, la sucesión de Pedro de Centelles fue muy conflictiva. Efectivamente, y al contrario de lo que había pactado, Pedro dispuso en su testamento (1559) que su descendiente no sería Magdalena, sino Jaime Centelles, señor de Almedíjar, y después de la muerte de éste, Francisco Centelles y sus descendientes masculinos. En caso de no tenerlos, heredaría Miguel Centelles, hermano del señor de Almedíjar. En conclusión, podría decirse que en un primer momento Pedro había desheredado a sus hermanas. No obstante, acabó revocando ese testamento (1562) y dio su conformidad a los capítulos matrimoniales de Magdalena y Carlos, que daban a éstos el derecho de sucesión.

A la muerte de Pedro (1569) se iniciaron largos pelitos entre Magdalena de Centelles y los señores de Almedíjar. La primera sentencia judicial (1581) adjudicó Nules, a Clotaldo de Centelles, hijo de Jaime Centelles, señor de Almedíjar, por otra parte, Cofrentes se adjudicó a Magdalena, mientras el resto de posesiones fueron administradas por José Vallés.

Paralelamente, los vasallos de la baronía de Nules suplicaron a la Real Audiencia de Valencia su incorporación al patrimonio real, y tras un periodo de secuestro se aceptó (1582), siendo posteriormente ratificado por el Consejo de Aragón (1584).

Por lo que se refiere al condado de Oliva y el resto de las posesiones sardas y valencianas de los Centelles, la real audiencia (1594) las adjudicaría a las hermanas Magdalena Centelles, Ana Centelles y Felipa Centelles.

A la muerte de Ana sin hijos, el primogénito de Magdalena, Francisco Tomás Borja Centelles, VI duque de Gandía, heredaría esa tercera parte de las rentas de Oliva. Desafortunadamente, Francisco Tomás murió antes que su madre, por lo que tuvo que sucederle su hijo (y nieto de Magdalena), Carlos Tomás Borja Velasco, VII duque de Gandía, que se convertiría oficialmente en VII conde de Oliva en 1596.

Este hecho inició un pleito sucesorio entre Carlos Tomás y su tío Pedro Borja Centelles, en que una concordia (1597) le hizo renunciar a una tercera parte de las rentas de Oliva y a la baronía del valle de Ayora y Cofrentes, reteniéndola aquél hasta su muerte (1629), momento en que volvería a la casa de Gandía.

En el ámbito político y militar, fue enviado por Felipe II a Aragón como comisario regio para acabar con las alteraciones de los nobles aragoneses, aunque no convenció al monarca.

A título personal se casó en 1572 con Juana Fernández de Velasco Aragón, hija del IV duque de Frías. De dicho matrimonio nacieron Carlos, VII duque de Gandía, Íñigo, Gaspar, Francisco, Baltasar, Juan y Catalina. A su vez, reconoció dos hijos naturales: Rodrigo y Justa.

Finalmente, falleció el 29 de agosto de 1595, por lo que solo fue duque tres años. Fue enterrado en la colegiata de Gandía con el hábito franciscano.