Nació en Roma. Segundo hijo del entonces, Cardenal valenciano, Rodrigo Borgia y de una de sus amantes, Rosa Vanozza Catanei. Su padre proyectó para él, una carrera eclesiástica, como era tradicional, para el segundón de las familias nobles, en tanto que su hermano Juan, nombrado duque de Gandía, ocuparía el cargo de Capitán General de los ejércitos pontificios. Cargo que su hermano César, ansiaba para sí. Su hermano Juan Borgia, II duque de Gandía, morirá en el río Tíber (Roma) el 14 de junio de 1497, posiblemente en manos de César.

César Borgia, casó el 10 de mayo de 1499 con Catalina Albret Navarra, Infanta de Navarra y hermana del rey Juan III. Nació una hija, Luisa Borgia, duquesa de Valentinois y Borgia (1500-53) y que se casó dos veces, primero con el gobernador de Borgoña, Luis II de la Tremouille y posteriormente, con Felipe de Borbón, Sr. de Busset.

De sus numerosas relaciones extraconyugales nacieron, Jerónimo Borgia y Lucrecia Borgia, que llegó a ser abadesa de St. Bernardino de Ferrara. Uno de sus empeños personales, fue tratar de crear un Principado en la Romaña. Ganará territorios como Imola o Pesaro por el centro de Italia. En 1501, es nombrado duque de la Romaña. Tras la muerte de su padre en 1503, el nuevo Papa era Julio della Rovere, le hace prisionero. Es encarcelado, por orden del Rey de Aragón en Chinchilla (Madrid) y posteriormente trasladado a Medina del Campo y en el castillo de La Mota. En 1506, tres años después, logra huír a Navarra, para ponerse bajo la tutela de su cuñado el rey. Durante una batalla, muere en manos de los castellanos y es enterrado en la iglesia de Santa María de Viana (Navarra).