Los agustinos llegan a la ciudad de Murcia en 1397 huyendo de otros asentamientos fuera de la ciudad en los que sufrían incursiones de musulmanes. Se instalan extramuros, cerca de la Ermita de San Antón, pero debido a la cercanía del Segura sufrían múltiples riadas, hasta tal punto que en 1514 el obispo Mateo Lang les cede la Ermita de Santa María de la Arrixaca, antigua patrona de la ciudad de Murcia, y cuya ermita había sido el único santuario cristiano bajo la dominación musulmana.

No obstante, la mudanza no fue rápida, y mientas se cerraba, se les alojó en la Ermita de San Sebastián. Hubieron de pasar más de sesenta años, para que se mudasen a Santa María de la Arrixaca. Así en 1579 emprenden el traslado al nuevo convento, produciéndose un pleito con la familia Molina, propietaria de la Capilla de la Virgen de Arrixaca, debido a las obras que los agustinos iban a emprender en dicha Ermita.

Además los frailes no quieren desprenderse de los terrenos de la Ermita de San Sebatián, su hogar hasta ese momento. De hecho pretenden su venta, esgrimiendo el mal estado de la Ermita, por lo que emprenden una serie de pleitos con la Cofradía de San Sebastián. La disputa se soluciona en 1646, cuando el Concejo resuelve dar la posesión a los agustinos, a pesar de los recursos de la Cofradía de San Sebastián, la ermita sería finalmente derruida en 1676.

El convento de San Agustín de Murcia tenía Noviciado y estudios de Filosofía y Teología. El monasterio cerró con la exclaustración de 1835, siendo demolido en 1846.