La primera casa carmelita en Alcalá de Henares fue fundada por el padre Francisco Espinet en 1567. Éste reunió a los religiosos carmelitas que estudiaban en la Universidad de Alcalá de Henares y en una casa alquilada fundó el Colegio del Carmen. El 9 de mayo de 1567 se aceptó a esta casa como integrante de la provincia de Castilla, además se autorizó a los carmelitas a emprender la búsqueda de una casa nueva que pudiesen comprar, a fin de tener el colegio en propiedad.

En el año 1569, el padre Espinet pasó a formar parte de los carmelitas descalzos, no así el Colegio del Carmen, que continuó adscrito a los calzados, por ello se propuso la fundación de un nuevo colegio basado en el espíritu de la reforma. El edificio en el que se llevó a cabo la fundación fue el mismo que antes habían habitado los carmelitas calzados, que ya habían abandonado para ocupar otro emplazamiento. Así, en 1570 se inicia la andadura del nuevo colegio-convento, contando con el propio San Juan de la Cruz como rector, además de con los apoyos de los príncipes de Éboli y de Santa Teresa de Jesús.

En el año 1581 el colegio cambiará su nombre, de Nuestra Señora del Carmen a San Cirilo, por haberse celebrado el capítulo en la festividad de este santo. En el año 1598 el colegio cambiará de emplazamiento y se mudarán a otro edificio, que ya será el definitivo, en la calle de Santo Tomás, extramuros y junto a la puerta de Tenerías Nuevas.

La vida del convento continuó sin sobresaltos hasta el año 1822 en que sobrevivió a un primer intento de cierre, coincidiendo con la primera supresión de la universidad complutense. El 28 de diciembre de 1835 el convento cierra definitivamente sus puertas tras la aplicación de la exclaustración decretada por Mendizábal.