Este convento fue fundado por el Cardenal Cisneros a finales del siglo XV con una triple finalidad: como monasterio para monjas clarisas, como colegio de doncellas y como hospital de mujeres.

Se ubicaba en la calle San Juan de Alcalá de Henares y en su origen el convento ocupaba la manzana completa. Llegó a tener once patios repartidos entre las instalaciones según las diferentes funciones.

Aquí permaneció hasta finales del siglo XIX cuando se vieron obligadas a abandonar el edificio por la amenaza de ruina. El estado del convento ya había provocado importantes daños como la pérdida de algunos frescos que decoraban la iglesia.

A la vez que se planteaba esta situación para las monjas clarisas, el Colegio de San Nicolás de Tolentino, muy cerca del convento, había sido exclaustrado en 1836. Se llegaría a usar como plaza de toros hasta que a finales del siglo, en 1884, se decide entregar la casa a las monjas de San Juan de la Penitencia.

Durante el siglo XX se llevarían a cabo importantes obras de restauración que incluían los trabajos sobre la cúpula de la iglesia.

Parte del convento sirve como museo en el que se pueden contemplar importantes objetos que pertenecieron al Cardenal Cisneros, ya que las clarisas de San Juan llegaron a ser sus testamentarias.

Entre estas piezas cabe destacar una de las copias del testamento, el báculo del Cardenal -que le fue entregado por los Reyes Católicos tras la toma de Granada y que había pertenecido a un rey nazarí-, el pectoral del cardenal además de importantes obras de arte. En la actualidad, la iglesia-museo del convento puede ser visitada.

El solar del que fue sede original de las juanas fue dividido y repartido entre diferentes usos.

La antigua iglesia es en la actualidad la Casa de la Entrevista, sala de exposiciones gestionada por el Ayuntamiento de Alcalá de Henares que, además, dispuso de los locales contiguos para instalar algunas de sus dependencias municipales.

La otra parte del convento se utilizaría como sede del Colegio Cardenal Cisneros que tambien sigue activo en la actualidad.