En 1459 ya existía una comunidad de religiosas clarisas que vivían a las afueras de Briviesca. Llegarían a obtener licencia de fundación por bula papal de Pío II.

Entrado el siglo XVI, la familia del condestable de Castilla, Pedro Fernández de Velasco, se convierte en patrocinadora de la comunidad por medio de una de sus hijas, Mencía de Velasco.

En 1511 se inicían las obras de la nueva casa mientras la fundadora reside en el convento de Santa Clara de Medina de Pomar.

Durante años la obra avanza muy despacio hasta 1517, cuando Mencía redacta testamento y, especialmente, en 1523 cuando finalmente fallece la fundadora.

Mientras se acaban las obras del convento se levantan simultáneamente otros edificios que harían de la idea original un gran conjunto en el que destaca el Hospital de Nuestra Señora del Rosario.

Durante todo este tiempo las clarisas han ocupado el convento sin interrupción hasta el año 2005. Es entonces cuando las ocho religiosas que quedan se ven obligadas a a trasladarse al covento de la misma orden en el municipio de Lerma.

El convento vacío es propiedad de la comunidad de Lerma. Las religiosas clarisas de Briviesca, antes de su marcha, acordaron con el ayuntamiento del pueblo la cesión del espacio unicamente para actividades culturales.

La iglesia aún se puede visitar y destaca por el retablo mayor, considerada una pieza única dentro del renacimiento español.

Tanto el convento como la iglesia fueron declarados Monumento Histórico Artístico en 1931.