El convento de Santa Clara de Moguer, en la provincia de Huelva, fue fundado en 1337, por Alonso Jofre Tenorio, primer señor de Moguer y su mujer Elvira Álvarez y reformado en 1482. Primeros patronos.

El Almirante Jofre Tenorio quiso convertir la aldea de Moguer en una próspera villa, fortaleciendo el concejo con el fuero y franquicias de Sevilla e instalando las primeras comunidades religiosas.

El monasterio se construiría en una loma próxima a la villa, denominada Campo de Santa Clara, quedando integrado casco urbano, con posterioridad, gracias a la nueva tendencia urbanística iniciada a finales del siglo XV, y al auge demográfico de la población.

Durante siglos influyó en la vida social, económica, cultural y religiosa de la comarca. Sus patronos, los Portocarrero, estuvieron íntimamente ligados a él por motivos materiales y espirituales, por contar entre las clarisas, con miembros femeninos de su linaje, convirtiendo la iglesia conventual en panteón de la familia.

El patrimonio y riquezas con las que contó desde su fundación, permitieron a su comunidad, expandirse fundando nuevos conventos como, Santa Inés de Sevilla (1374), Santa Clara de Jaén y Córdoba, Santa Clara de Gibraltar (1586), Alcalá de Guadaíra (1597), Santa Clara de Osuna (1611), y Jerez de los Caballeros.

Una de sus abadesas sería Inés Enríquez, tía del rey Fernando el Católico. A la vuelta del viaje descubridor, Cristóbal Colón y el resto de moguereños, pasaron la primera noche en su iglesia cumpliendo el voto realizado en alta mar cuando una tempestad estuvo a punto de hacer zozobrar la Niña.

A lo largo del siglo XVI el monasterio incrementó su patrimonio gracias a la adquisición de nuevos bienes.

La cota más alta de religiosas fue alcanzada en 1591, con cincuenta y cinco religiosas, y la más baja en 1884 con sólo tres.

Serían las medidas desamortizadoras las que provocarían su caída a partir de 1835. Entonces le fueron expropiadas 411,68 hectáreas de tierra repartidas por diferentes términos de las actuales provincias de Huelva y Sevilla.

A finales del S.XIX sólo contaba con tres religiosas. Con el fallecimiento de la última en 1898, el monasterio de Santa Clara fue ocupado por las Esclavas Concepcionistas, establecimiento promovido por el cardenal Spinola, quien recibió la propiedad del monasterio de manos de la duquesa de Alba, María del Rosario Falcó y Osorio, en 1903.

Las esclavas instalaron en este complejo conventual un colegio femenino, así como el noviciado que funcionó desde 1930 hasta el traslado de la comunidad a Sanlúcar la Mayor de Sevilla, en 1955.

Pasaría a depender del Obispado de Huelva en 1954, al crearse ese año la nueva diócesis.

Con la llegada de los PP. Capuchinos a Moguer, en 1956, como administradores de su única parroquia, el monasterio de Santa Clara recuperó el ambiente franciscano de épocas pasadas, al convertirse en la residencia de los nuevos inquilinos. En 1961 la Orden instaló en él, el Colegio de Filosofía, reuniendo hasta veintitrés capuchinos.

En 1975 abandonaron el edificio, trasladándose a una vivienda ubicada en el interior de la parroquia.

Actualmente el monasterio de Santa Clara es la sede el Museo Diocesano de Arte Sacro de Huelva.

Es el monumento colombino más destacado de Moguer y está catalogado como Monumento Nacional desde 1931.