En el año 1256 dos religiosas del Convento de Santa Clara de Tarragona, sor Catalina Berenguer y sor Guillermina, se trasladan a Palma de Mallorca con la intención de fundar un convento de la misma orden clarisa en las islas.

Habían transcurrido veintisiete años desde que Palma de Mallorca se hubiera recuperado para la cristiandad y quieren instalar comunidades que afiancen la religiosidad cristiana.

Aunque los permisos y autorizaciones se han concedido en 1256, la vida de clausura no comenzaría hasta 1260 cuando agunas mujeres de la nobleza de la isla toman los hábitos.

Inicialmente observan la regla de Santa Clara pero en 1263, el papa Urbano IV les impone una nueva regla redactada por él mismo. Sería en 1912 cuando las religiosas de Palma de Mallorca y las de Medina del Campo, hacen petición que les permita regresar a la regla de Santa Clara. En 1969 obtienen los permisos para hacerlo.

Desde el siglo XIII el convento gozó de una larga etapa de esplendor. Se sabe, por la documentación que custodian las religiosas, que en 1323 llegaron a ser sesenta y dos hermanas. En 1579 eran cincuenta y nueve y a finales del siglo XVI eran setenta.

Durante los años de aplicación de los decretos de exclaustración sufrieron dificultades. El número de religiosas había descendido notablemente y aunque llegaron a acoger a comunidades exclaustradas de otros conventos, como ocurre con el Convento del Olivar, llegaron a quedar únicamente veinticuatro monjas. Además se había prohibido por ley que pudieran entras nuevas postulantes a lo que la abadesa de Santa Clara responde solicitando permiso a Isabel II para poder ampliar su comunidad. En 1852, por disposición real, se les permitiría formar una comunidad de un máximo de cincuenta religiosas, cifra que alcanzarían en 1890.

Salvadas estas dificultades, comunes a la mayoría de conventos españoles, la comunidad de Santa Clara ha resistido hasta la actualidad.

En 2010 residían en el convento catorce religiosas que se mantienen gracias al autoabastecimiento además de por sus trabajos de costura o por la elaboración y venta de dulces.