Institución fundada en 1528 por Dª. María de Silva y Toledo, esposa de D. Juan de la Cerda y Bique (II duque de Medinaceli).

Dª María, gran devota de San Francisco y la Segunda Orden, deseaba instaurar un convento en la villa ducal, por lo que en 1526 donó dos de sus viviendas a la Orden Franciscana por medio de Fr. Diego de Cisneros, Provincial de Castilla. De este modo, en 1528 D. Antonio Mora (chantre de la catedral de Sigüenza y Vicario capitular del Obispado) aprobó tanto la fundación como la incorporación de la iglesia de San Martín, quedando establecida la institución gracias a la llegada de cuatro religiosas (entre las que se encontraba Dª Isabel de Toledo, prima hermana de la duquesa) procedentes del cenobio de Santa Isabel de Toledo.

A pesar de la nueva factura del edificio, en 1548 un incendio fortuito redujo a cenizas tanto el coro como el archivo conventual. Sin embargo Dª. María, ligada sentimentalmente a la comunidad clarisa, asumió la totalidad del coste de la reconstrucción de los sectores dañados, ganándose -aún más si cabe- el favor de las religiosas.

Pese a contar con el apoyo de los señores de la villa, la comunidad mantuvo con la Colegiata de Santa María diversos pleitos, los cuales estuvieron motivados por la defensa de sus derechos. Uno de ellos fue la pugna generada en torno al cobro de los estipendios de los enterramientos en la iglesia de San Martín; la Colegiata (de la que había dependido el templo con anterioridad) reclamaba el pago de las inhumaciones aferrándose a sus antiguos derechos, pero la comunidad clarisa se negaba. Finalmente, en mayo de 1569 se estableció un acuerdo entre el cabildo de la Colegiata y Dª. Mayor de Salazar (abadesa de Santa Isabel): la iglesia de San Martín solo daría sepultura a los duques y a su familia. No obstante, poco después esta limitación fue suprimida.

Pocas noticias destacables pueden reseñarse entre los ss. XVII y XIX, salvo que en 1689 la comunidad clarisa abrazó la regla de la Tercera Orden y que a mediados del s. XVIII un incendio afectó a la iglesia y, de nuevo, al archivo.

Sin embargo, el s. XIX nos proporciona información de mayor interés. Así, ha quedado constancia de que el 23 de noviembre de 1808, con motivo de la guerra de Independencia, la comunidad fue expulsada por las tropas francesas, las cuales convirtieron el cenobio en cuartel. Obligadas a abandonar su hogar, las religiosas se asentaron temporalmente en las localidades sorianas de Velilla de Medinaceli, Sagides, Chaorna y Judes para, finalmente, instalarse durante dos meses en el Monasterio de la Madre de Dios de Buenafuente del Sistal (Guadalajara). Poco después, una avanzadilla compuesta por ocho religiosas regresó al convento (ya desalojado de tropas) para, con mucho esfuerzo, reacondicionarlo, de tal modo que el 1 de junio de 1809 la comunidad volvió a reunirse en su hogar. No obstante, hasta 1814 no llevaron con rigurosidad una vida religiosa, pues no disponían de coro, no tañían las campanas y las misas eran realizadas a puerta cerrada por temor a los franceses.

Presumiblemente, como tantas otras, la comunidad fue afectada por las leyes desamortizadoras de 1836-1837, pero no se dispone de datos al respecto. De cualquier modo, la institución sí resultó dañada por las leyes promulgadas por Madoz entre 1854-1856, perdiendo todas la tierras que poseían; aunque pasaron a recibir una asignación mensual, esta resultó insuficiente, por lo que se vieron obligadas a solicitar limosnas a diversas personalidades, entre ellas D. Luís Tomás Fernández de Córdoba y Ponce de León (XV duque de Medinaceli), Manuel Cisneros (organero de la catedral de Sigüenza) o la mismísima Isabel II.

Unas décadas después, con la revolución de "La Gloriosa" (1868), la comunidad corrió el peligro de desaparecer. Sin embargo, y para evitar dicho destino, en 1870 las religiosas establecieron un colegio gratuito para niñas de 5 a 12 años. Según determinados investigadores, esta actuación motivó que el convento prosperara notablemente, favorecido la fundación de una nueva comunidad en Espinosa de Herrara (Guadalajara) alrededor de 1899. Sin embargo, no ha podido localizarse dicha población.

Las religiosas subsistieron sin apenas sobresaltos los años de la Segunda República y la Guerra Civil. Pero en 1955, sin nuevas vocaciones y con una comunidad reducida y de avanzada edad, D. Cástor Apáiz (delegado de la Federación Cántabra) ordenó el traslado de varias hermanas procedentes del convento de Santa Clara de Soria para reforzar a las clarisas ocelitanas. A pesar de los esfuerzos, finalmente en 1974 la comunidad de Santa Isabel perdió su autonomía y pasó a depender formalmente del cenobio de clarisas de la capital soriana.

Actualmente la institución sigue en activo.