Institución nacida a finales del s. XIV en el seno de un grupo de mujeres virtuosas que hacían vida común en "Santa Marina de Pomares", ermita situada extramuros de Zafra. Cabe suponer que esta "comunidad" no observaba regla alguna, aunque determinados investigadores señalan su posible obediencia a la Tercera Orden. De cualquier modo, no se conservan noticias respecto a las primeras décadas de existencia de este eremitorio, salvo una ligera mención en la documentación referente a la fundación del vecino convento de Santa Clara (1428), en la que se registra la existencia de varias "emparedadas" agrupadas en torno a la ermita.

En esta situación subsistieron durante varias décadas, hasta que en 1521 -por recomendación de los frailes franciscanos que las asistían espiritualmente- decidieron instituirse como convento, abrazar la regla de Santa Clara y ofrecer su obediencia a la "Provincia de Santiago" aunque, eso sí, manteniendo la advocación en honor a Santa Marina. De este modo, para que la fundación resultara efectiva, fue traída del convento de Santa Clara de Cumbres Mayores (Huelva) Sor Catalina de la Puerta quien, acompañada por varias religiosas del mismo cenobio, se instaló en Zafra con el objetivo de instruir a la nueva comunidad. Presumiblemente, las labores de erección del nuevo -aunque modesto- recinto conventual debieron iniciarse poco después, pero no se conserva documentación al respecto.

De lo que sí se tiene constancia es de que en 1601, Dª. Margarita Harrington (prima de Juana Dormer, esposa de Gómez III Suárez de Figueroa y Córdoba, I duque de Feria) dejó registrado en su manda testamentaria el deseo de legar sus bienes a un convento que le cediese la propiedad de la capilla mayor, pues aspiraba a crear en ella una cripta familiar donde enterrar su cuerpo junto al de sus dos hijos difuntos. Aprovechando la situación, y antes de fallecer, su prima logró convencerla de que dicha cesión la realizara a favor del convento de Santa Marina, hecho que posibilitó no solo una renovación profunda del edificio, sino también la conexión de la iglesia conventual con el vecino palacio de los duques de Feria, obra que potenció la suntuosidad de la villa ducal sin desembolso por parte de Dª. Juana y D. Gómez.

La comunidad prosperó notablemente con el paso de los años, contando en 1753 -tal y como señala el catastro del marqués de la Ensenada- con 33 religiosas: 28 de velo negro y 5 de blanco.

Sin embargo, como consecuencia de los procesos desamortizadores, en 1836 fueron expropiadas de todo su patrimonio, siendo obligadas igualmente a fusionarse con las hermanas del vecino convento de Santa Clara. Se desconoce en qué momento el convento fue derribado; de cualquier modo, el único elemento conservado en la actualidad es su iglesia.

La iglesia parroquial de Santa Marina fue declarada Bien de Interés Cultural -con categoría de Monumento- por Real Decreto de 2 de septiembre de 1988 (publicado en BOE a 8 de septiembre de 1988); actualmente alberga un centro cultural. En una de sus capillas puede apreciarse la escultura orante de Margarita Harrington, la cual continúa formando parte del conjunto funerario original.