El convento de la Concepción de Ágreda, en la provincia de Soria, se funda por la familia Coronel Arana, vecinos de la localidad, entre 1618 y 1619. De esta familia proviene la religiosa sor María Jesús de Ágreda, persona que será venerable en la localidad, pues desde muy temprana edad, los 4 años, siente la llamada religiosa y experimenta momentos místicos y «bilocaciones», que la harán conocida entre los religiosos, Inquisición y la Monarquía del momento.

Dada la peculiaridad de su persona e inclinación religiosa, sus padres deciden crear un convento en sus propias casas. Así en 1618 se comienza a adecuar la casa como convento. El cenobio se acogería bajo la Orden Franciscana, por la veneración que Dña. Catalina de Arana, madre de la religiosa, siente por estos religiosos. Acogiéndose a la rama concepcionista de las descalzas. La propia catalina y su esposo anularían su matrimonio, profesando en la Orden.

Para la apertura de este convento, llegaron como fundadoras, religiosas del convento de la Calzada de San Luis de Burgos. Doña María Bautista de Vergara, Dña. Francisca de Villegas y Martina de Marañón. El 13 de enero de 1619 ingresan en el mismo, Sor Maria de Jesús, su madre y su hermana.

A partir de 1620 comienzan a realizarse las primeras profesiones, creciendo la comunidad y comienzan a sucederse los fenómenos extraordinarios de la Venerable Sor María de Jesús, que va a marcar la vida cotidiana de este convento.

Se reclamó a otro grupo de tres monjas del monasterio del Caballero de Gracia en Madrid, para ayudarlas en la dirección del convento. Al cabo de otros cuatro años regresan también éstas a Madrid.

En 1627, el convento se queda pequeño y comienza a construirse un nuevo edificio, el definitivo, a las afueras de la localidad, junto al ya existente monasterio de San Julián de los PP. Franciscanos. En 1633 se trasladan a este nuevo espacio. También en 1627 sor María de Jesús es elegida abadesa, cargo que ejercerá durante 35 años.

En el año 1652 cuatro religiosas de este convento se encargan de la fundación del Monasterio de la Concepción de Borja. También formarían parte de la fundación del monasterio de Tafalla, actualmente en Huarte (Pamplona), y el monasterio de Estella, en Navarra, se fundaron después de la muerte de Sor María de Jesús en los años de 1671 y 1731, respectivamente.

La vida de esta comunidad se desarrollo con normalidad, hasta la llegada de los franceses, pues con la invasión los cuatro conventos de la localidad de Ágreda fueron a tacados y saqueados. Conociendo el comportamiento de las tropas francesas, las religiosas adelantaron su huida abandonando el convento el 25 de noviembre de 1808. Se marcharon al pueblo cercano de Aldehuela, donde fueron alojadas varios días, después regresarían a su convento.

Desde entonces la comunidad ha permanecido en el mismo, con su actividad hasta nuestros días, con un número de 11 profesas y dos novicias.

Bajo su administración, el convento adquirió una gran prosperidad y reconocimiento espiritual, pues se convirtió en una de las comunidades franciscanas más fervientes de España.

A Sor María de Jesús de Ágreda se la considera una de las mejores escritoras místicas del barroco español, asegurándose que con sus escritos influyó en la corte del Rey Felipe IV.

En 1643 el rey Relipe IV fue a visitarla personalmente a su convento agredano del que sólo había salido en tres ocasiones, y lo mismo hacía Carlos II en 1677 una docena de años después de su fallecimiento. De los veintidós años que duró su relación epistolar con el rey, se conservan muchas cartas de consejos para el ejercicio justo de la autoridad real, y su obra cumbre es La Ciudad mística de Dios, publicada después de su muerte.