Convento fundado en 1516 gracias al patronazgo del Concejo de Elche el cual, con dicho objetivo, adquirió a D. Bernard Perpiñán un terreno extramuros donde erigir el edificio.

En un principio, el cenobio estuvo bajo la advocación de San Jorge, pero a consecuencia de que existía en la villa otro convento con este título, se optó por disponerlo bajo el amparo de la "Encarnación de Nuestro Señor Jesucristo". Por su parte, la comunidad originaria estuvo compuesta por hermanas clarisas sometidas a la obediencia de la Custodia de Murcia, pero tras el Capítulo celebrado en el cenobio de San Francisco de Játiva el 7 de diciembre de 1630, el convento pasó a depender de la provincia seráfica de Valencia.

Se desconoce el devenir de la comunidad hasta 1846, cuando Madoz la nombra sucintamente en su Diccionario indicando que estaba compuesta por unas "veinte monjas". Presumiblemente, el convento fue afectado por el proceso desamortizador de Mendizábal, pero no se dispone de datos al respecto. Sin embargo, de lo que sí se tiene constancia es de que en 1853, tras una tormenta, el edificio donde residían fue devastado, por lo que con la mediación del Ayuntamiento, en mayo de 1854 las hermanas fueron al desamortizado convento de Santa Lucía (no sin antes debatir con el consistorio la obtención en propiedad del nuevo inmueble, cediendo a cambio el suyo propio). Aunque los restos del antiguo edificio fueron rehabilitados parcialmente para servir como escuela, en 1877 fue definitivamente abandonado, siendo derruido por completo en 1891 para dejar espacio a la actual Plaza de la Glorieta.

Por su parte, la comunidad habitó en paz en su nuevo cenobio hasta 1936, momento en el que como consecuencia de la Guerra Civil, el edificio fue objeto de un incendio que afectó a la estructura y redujo a cenizas el templo asociado, obligando a las hermanas a huir. Aunque en 1939 lograron regresar, el inmueble se encontraba en tal estado que se vieron empujadas a vender el solar dejado por la iglesia para afrontar las obras de rehabilitación del convento.

Allí residieron hasta 2006, cuando debido a la inhabitabilidad del cenobio, establecieron una permuta con el Ayuntamiento que les permitió mudarse en 2007 a un nuevo edificio situado junto al "Puente del Bimil-Lenari". El convento dejado atrás fue rehabilitado y convertido en un centro cultural.