La fundación del convento mercedario en Elche parte del reparto que hizo Jaime I, en 1265, tras la reconquista de la ciudad. El monarca otorga al Infante Don Manuel, primer Señor de Elche, Mayordomo Mayor y hermano del rey Alfonso X "El Sabio", los baños árabes y el cementerio. La donación fue ratificada el 22 de junio de 1270 y posteriormente el Infante Don Manuel cede esas propiedades al Maestre de la Orden de la Merced, Fray Pedro de Amer, para levantar una capilla y realizar la misa diaria.

La construcción del resto del convento debió iniciarse a principios del siglo XIV, a extramuros de la ciudad musulmana, con un número muy reducido de monjes. Los antiguos baños árabes pasaron a ser almacenes y el convento se levantó bajo la invocación de Santa Lucía.

Del siglo XV hay documentación que refleja las disputas y luchas por la jurisdicción de tierras entre el obispado de Murcia y los monjes ilicitanos. En 1404, fray Pere Guillem, que regía la casa mercedaria de Elche, se quejaba al rey porque el obispo de Murcia quería ejercer jurisdicción sobre su comarca y el monarca tuvo que recordar al prelado murciano que la jurisdicción correspondía a los reyes aragoneses, como fundadores de la Orden, amenazando con confiscar las rentas del obispado si se ponía en contra de los mercedarios de Elche. Otro ejemplo de la relación de esta comunidad con las autoridades religiosas data de 1470, un documento escrito por el que el obispo de Cartagena concedia a la comunidad mercedaria de Elche la autorización para hacer altares, decir misa y enterrar en los claustros del convento.

A mediados del siglo XVI se inició la construcción de la iglesia gótica, concluyéndose en 1567, aunque en 1782 se construyó una nueva situada al norte del convento, siguiendo el modelo de la de Xàtiva. En ese periodo también se realizaron obras de ampliación y de reforma del convento, del acceso y del claustro, caracterizado por su estilo clásico y de dimensiones reducidas, como correspondía a la nueva mentalidad surgida del Concilio de Trento.

En 1835, con la Desamortización, la iglesia y edificio conventual pasaron a propiedad del Estado, vendiéndose sus tierras y rentas a particulares. En 1837 el Ayuntamiento de Elche solicitó la cesión del mismo, utilizándolo primero como local para la administración de rentas y correos y después como colegio de Humanidades.

La vida religiosa volvió al edificio cuando, en 1853, el convento de la Encarnación de las monjas clarisas de Elche quedó destruido y las monjas se trasladaron provisionalmente al convento de los mercedarios. El Ayuntamiento de Elche, en mayo de 1854, aceptó la solicitud de permuta de ambos edificios formulada por las clarisas y el convento de los mercedarios pasó a tener nuevas inquilinas.

Durante el siglo XX, el edificio también sufrió una serie de reformas, especialmente después del incendio de 1936, tras el cual la comunidad clarisa reedificó parte del conjunto en 1948. En 2006 el edificio se encontraba de nuevo inhabitable, por lo que una nueva permuta con el Ayuntamiento supuso que las clarisas lo abandonaran definitivamente para trasladarse a unas nuevas instalaciones. El convento de Santa Lucía quedó bajo propiedad municipal y actualmente alberga un centro cultural.